温、疫、疠在古代属于三个不同的病名，在当代统称为瘟疫或温病。
 最早在商代就有对瘟疫的文献记载，周代的典籍已有“疫”字，《礼记•月令》云：“孟春行秋令，则民大疫。”《山海经•东山经》云：“蜚，见则天下大疫。”
《黄帝内经》记载了对温病的认识。《素问•生气通天论篇》云：“冬伤于寒，春必温病。”《素问•阴阳应象大论篇》亦云：“冬伤于寒，春必温病。”
《素问》七篇大论对温疫的认识主要见于《素问•六元正纪大论篇》。论述了二火（少阴君火、少阳相火）加临易发瘟疫，并探讨了易发瘟疫的六气时段（辰戌之纪初之气多发，卯酉之纪二之气、终之气多发，寅申之纪初之气多发，丑未之纪二之气多发，子午之纪五之气多发，巳亥之纪终之气多发）。
《难经•五十八难》云：“伤寒有五：有中风、有伤寒、有湿温、有热病、有温病。”其中湿温、热病、温病都可能与瘟疫相关，其发病的直接原因为伤于寒邪。
仲景对温病的认识和治疗非常丰富和完备，《桂林古本伤寒杂病论》指出：“温病有三，曰春温、曰秋温、曰冬温。此皆发于伏气……气不当至而至，初冬乃大寒，燥以内收，其气伏于厥阴，冬至后，天应寒而反温，发为温病，此名冬温。”病春温，用小柴胡加黄连牡丹汤；病秋温，用地黄知母黄连阿胶汤；病冬温，用石膏黄连黄芩甘草汤、大黄黄芩地黄牡丹皮汤；病风温，用黄连黄芩栀子牡丹芍药汤；病湿温，用猪苓加黄连牡丹皮汤；温邪犯心，用黄连黄芩阿胶甘草汤；温邪乘肺，用黄芩石膏杏子甘草汤；温邪移肾，用地黄黄柏秦皮茯苓泽泻汤；温在上焦宜栀子汤，温在中焦宜白虎加地黄汤，温在下焦宜百合地黄牡丹皮半夏茯苓汤等。
仲景应用了“伏气”学说，《伤寒论•平脉法》云：“伏气之病，以意候之，今月之内，欲有伏气，当须脉之。”《平脉法》很可能是仲景所言《平脉辨证》的内容。《伤寒论•伤寒例》云：“中而即病者，名曰伤寒；不即病者，寒毒藏于肌肤，至春变为温病。”
晋代葛洪在《肘后备急方》中提出了：“伤寒、时行、瘟疫三名，同一种耳，而源本小异。”
隋代巢元方《诸病源候论》指出:“人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门，延及外人。”
唐代孙思邈《备急千金要方》中收载“辟疫气”、“辟温气”、“辟瘟疫气”等方剂36首，《千金翼方》有治疗温病的“杂方附”6首。王焘《外台秘要》收载辟温方22首，天行一门，方137首。
宋代刘温舒提出了三年化疫理论和各种治疗方法，丰富了对瘟疫疾病的认识。作者考证《本病论》《刺法论》两篇可能由宋代刘温舒补入。
《本病论》《刺法论》认为，发生瘟疫的运气条件主要有三虚致疫，刚柔失守三年化疫，间气升降失常、气交有变易发瘟疫，不迁正、不退位易发瘟疫等，提示我们根据运气特点，做出预防和治疗。
“三年化疫”见于《素问遗篇•刺法论》：“天地迭移，三年化疫，是谓根之可见，必有逃门。”以《刺法论》所论，三年化疫是指刚柔失守，上刚干失其位，下柔干不能独主，中运不能执法，天地不和，天运失序，三年后变大疫，是谓三年化疫。《素问遗篇•刺法论》云：“刚柔二干，失其守位……天地迭移，三年化疫”。又云：“假令丙寅，刚柔失守，上刚干失守，下柔不可独主之，中水运非太过，不可执法而定之。布天有余，而失守上正，天地不合，即律吕音异，如此即天运失序，后三年变疫。”
其发病特点具有流行性、传染性、不分老幼、症状相似。《素问遗篇•刺法论》云：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”
治疗方法有刺法、意念调气法、吐气纳气法、药浴汗泄法、服小金丹法等，预防要做到保养脏腑，修养和神，顺天应道。《素问遗篇•刺法论》云：“不相染者，正气存内，邪不可干，避其毒气……治之可刺……凡此十二官者，不得相失也……非治疾也，故要修养和神也。道贵常存，补神固根，精气不散，神守不分。”《素问遗篇•本病论》云：“得守者生，失守者死。得神者昌，失神者亡。”
宋、金、元时期为我国温病研究的成长阶段，温病研究提出了许多新见解、新理论，指出了新感温病和伏气温病的不同，温病和伤寒的不同，刘完素提出了“六气皆从火化”的著名观点。
明清则是温病理论形成和发展的时期，张鹤腾作《伤暑全书》，吴又可作第一部温病专著《瘟疫论》，叶天士《叶天士外感温热病篇》标志着温病学体系的形成，吴塘作《温病条辨》提出了温病三焦辨证和治疗方法。此期可谓我国温病学发展的盛期，涌现了大批优秀的温病学家和理论专著。
瘟疫、疫气、戾气、时气等在当代被称为急性传染性疾病，其特点是发病迅猛，症状相似，传染性强。特殊爆发的急性传染性疾病在古代称为瘟疫，又有疫和疠的区别。通常疫是指瘟疫，可能是特殊的宇宙能量对大气环流和自然界的影响，尤其是对人和动物的影响较大。疠是指某个区域自然产生的不正常的气体或气流，对当地人或动物产生的影响。
西医在传染病爆发时会检测病原微生物，研究各种疫苗和治疗药物，对当下发生的疾病会有明显疗效，但不能治疗所有的爆发性传染病。在国内，每次出现传染病，国家都会投入巨大的人力、物力、财力研究疫苗，疫苗出来了，传染病过去了，下一次来的又会是不同的传染病，巨大的资源浪费，中医药可以为此做出巨大贡献。
如“流行性乙型脑炎”是一种烈性传染病，目前西医仍无特效疗法，香港《新明日报》2003年6月16日报道，日本发生此病，死亡率高达20%。此病在我国建国前病死率高达60%，建国后，1954-1955年，石家庄市通过以中医、中西结合治疗本病，以清热、解暑、养阴为主，采用张仲景白虎汤、白虎加人参汤为主要方剂随症加减，治愈率高达90%以上，通过推广“石家庄经验”，我国治疗“流行性乙型脑炎”取得了举世瞩目的成就。1956年8月之后，北京发现“流行性乙型脑炎”，应用清热、解暑、养阴法疗效不好，在蒲辅周老中医的建议下，根据运气特点，首先给予宣解湿热和芳香开窍的药物，使许多危重患者转危为安，此后给以辛香透邪法等八法调理，丰富了中医药治疗乙脑的方法。这是明显的因运气病机不同而治疗方法各异的典型案例。  
应用五运六气理论防治急性传染病需要随运气变化特点科学应用，不同年份、不同的时节运气特点各有不同，发病病机不同，治则方药也要不同。
在我国古代也有这样的案例：圣散子方是宋代治疗瘟疫非常著名的方子，宋元丰年间，苏东坡“谪居黄州，连岁大疫，所全活者不可胜数。” “圣散子”为巢元修所藏秘方，授以苏东坡，指松江为誓盟，不得传人。苏东坡用此方活人无数，为造福民众，违背誓言，将这首“济世之具，卫家之宝”名方，传与当时的名医庞安时，以福天下。殊不知到了后来，此方则成为杀人利器，“辛未年，永嘉瘟疫，被害者不可胜数。”（陈无择《三因极一病证方论》）。宣和间（宋徽宗年间），此药盛行于京师，太学生信之尤笃，杀人无数，医顿废之。”（叶梦得《避暑录话》）。“病者服之，十无一生。”（俞弁《续医说》）。清代尤怡提出了中肯的看法：“且也岁运有太过不及之殊，天时有恒雨恒旸之异。是以疫疠之行，亦有表里寒温热湿之分，其可以一概论哉……有寒湿独行，而病在肌皮胸膈者，则东坡圣散子之证也。”陆懋修则从运气大司天的角度进行了分析，认为苏东坡早年正值第六十三甲子太阴湿土在泉，而晚年之时已交六十四甲子，则是相火之运，运气变迁，而方不变，必有古方新病不相能之贻误。
非典期间，中医药已经做出了重要贡献。五运六气学说中的大司天理论、疫疠发病理论、三年化疫理论等有待深入研究，运用运气理论防治急性传染病，是我国领先世界的优势。