“医者意也”，历代医家多有论之。最早的文献记载始见于《黄帝内经》，《素问•金匮真言论》云：“故善为脉者，谨察五藏六腑，一逆一从，阴阳表里、雌雄之纪，藏之心意，合心于精。非其人勿教，非其真勿授，是谓得道。”《黄帝内经》之意有多种内涵。
1.意指心志
《灵枢•本神》云：“所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。” 
《说文解字》：“意，志也，从心，察言而知意也。”《素问•金匮真言论》云：“谨察五脏六府，一逆一从，阴阳表里，雌雄之纪，藏之心意，合心于精。”
《灵枢•本脏》云：“志意者，所以御精神，收魂魄，适寒温，和喜怒者也。是故血和则经脉流行，营复阴阳，筋骨劲强，关节清利矣；卫气和则分肉解利，皮肤调柔，腠理致密矣；志意和则精神专直，魂魄不散，悔怒不起，五脏不受邪矣。”
2．意指意念
《灵枢•九针十二原》云：“迎之随之，以意和之，针道毕矣。”《素问•标本病传论》：“谨察间甚，以意调之，间者并行，甚者独行。”《灵枢•病本》也有相同的论述。王冰注曰：“间，谓多也；甚，谓少也。多，谓多形证而轻易；少，谓少形证而重难也。以意调之，谓审量标本、不足有余，非谓舍法而以意妄为也。”（《文渊阁四库全书•子部•医家类•黄帝内经素问》卷十八）。
3．意指意思
《灵枢•小针解》云：“扣之不发者，言不知补泻之意也。”
4．意指感觉
《灵枢•小针解》云：“妙哉，独有之者，尽知针意也。”
5．意指思、想
《灵枢•终始》云：“闭户塞牗，魂魄不散，专意一神，精气之分，毋闻人声，以收其精。” 
6．意指意识
《灵枢•厥病》云：“厥头痛，意善忘，按之不得，取头面左右动脉，后取足太阴。”　　《素问•五脏生成》云：“五脏之象可以类推，五脏相音可以意识。”
7．意指辨别
《灵枢•逆顺肥瘦》云：“世人不能释尺寸而意短长，废绳墨而起平水也。”
8．意指情绪
《素问•调经论》云：“持针勿置，以定其意。”《素问•气交变大论》云：“民病腹痛清厥，意不乐，体重烦冤，上应镇星。”
9．意指心意
《灵枢•决气》云：“余闻人有精、气、津、液、血、脉，余意以为一气耳。”
10. 意指意病
《灵枢•九针十二原》云：“神在秋毫，属意病者，审视血脉者，刺之无殆。”
《伤寒杂病论》亦记载了医意的论述。《平脉法第二》云：“伏气之病，以意候之，今月之内，欲有伏气。假令旧有伏气，当须脉之。”此处的意为心意，以意候之即用心诊察。
孙思邈指出：“张仲景曰：欲疗诸病,当先以汤荡涤五脏六腑……故用汤也；若四肢病久,风冷发动,次当用散……次当用丸……能参合而行之者,可谓上工。故曰医者意也。” 此处的意指医者的临床思辨过程，即临床思维。
《后汉书•方书列传•郭玉传》云：“郭玉，和帝时为太医丞，多有效应。而医疗贵人，时或不愈。帝乃令贵人羸服变处，一针即差。召玉诘问其状。对曰:`医之为言意也。腠理至微，随气用巧，针石之间，毫芒即乖。神存于心手之际，可得解而不可得言也。”
《旧唐书•许胤宗传》云：“医者，意也，在人思虑。”
孙思邈曰：“若夫医道之为言，实为意也。固以神存心手之际，意析毫芒之里，当其情之所得，口不能言，数之所在，言不能谕。”  
《外台秘要》云：“医者意也。古之所谓良医，盖以其意量而得其节，是知疗病者皆意出当时，不可以旧方医疗。”
《太平圣惠方》云：“夫医者意也。疾生于内，药调于外，医明其理，药效如神，触类而生，参详变易，精微之道，用意消停。” 
朱丹溪指出：“古人以神圣工巧言医，又曰：医者意也。以其传授虽的，造诣虽深，临机应变，如对敌之将，操舟之工，自非尽君子随时反中之妙，宁无愧于医乎？今乃集前人已效之方，应今人无限之病，何异刻舟求剑，按图索骥。”
张景岳《类经附翼• 医易义》云：“医者，意也，合阴阳消长之机。”此处医之心意要通天人相应之理，阴阳消长之机。
清代医学家喻昌曰: “闻之医者意也，一病当前，先以意为运量，后乃经之以法，纬之以方，内经所谓微妙在意是也。医孰无意, 而浅深由是, 径庭由是, 而病机之安危倚伏莫不由是, 意之凝释, 剖判荒茫, 顾不危耶? ”又曰：“故治病必先识病，识病然后议药，药者所以胜病者也……又《本草》止述药性之功能，人不知嗜。”喻嘉言以意测病，推理也，源于客观，意之客观，非主观也！我们看喻氏的推理过程：“某年、某月、某地，某人年纪若干，形之肥瘦、长短若何，色之黑白、枯润若何，声之清浊、长短若何，人之形志苦乐若何，病始何日，初服何药，次后再服何药，某药稍效，某药不效，时下昼夜孰重，寒热孰多，饮食喜恶多寡，二便滑涩有无，脉之三部九候何候独异，二十四脉中何脉独现，何脉兼现，其症或内伤或外感，或兼内外，或不内外，以经断为何病，其标本先后何在，汗、吐、下、和、寒、温、补、泻何施，其药宜用七方中何方，十剂中何剂，五气中何气，五味中何味，以何汤名为加减和合，其效验定于何时，一一详明……某年者，年上之干支，治病先明运气也。某月者，治病必本四时也。某地者，辨高卑、燥湿、五方异宜也。某龄、某形、某声、某气者，用之合脉，图万全也。形志苦乐者，验七情劳逸也。始于何日者，察久近传变也。历问病症药物验否者，以之斟酌己见也。昼夜寒热者，辨气分、血分也。饮食、二便者，察肠胃乖和也。三部九候何候独异，推十二经脉受病之所也。二十四脉见何脉者，审阴阳、表里无差忒也。依经断为何病者，名正则言顺，事成如律度也。标本先后何在者，识轻重次第也。汗、吐、下、和、寒、温、补、泻何施者；求一定不差之法也。七方——大、小、缓、急、奇、偶、复，乃药之制，不敢滥也；十剂——宣、通、补、泻、轻、重、滑、涩、燥、湿，乃药之宜，不敢泛也。五气中何气、五味中何味者，用药最上之法，寒、热、温、凉、平，合之酸、辛、甘、苦、咸也。引汤名为加减者，循古不自用也。刻效于何时者，逐款辨之不差，以病之新久，五行定痊期也。若是则医案之在人者，工拙自定，积之数十年，治千万人而不爽也。”俞氏之意，指整个的诊治疾病的思维推理过程。 
当代医家学者对医意论则多有发挥，有的用现代心理学理论去评判古人，有的甚至背离了意的本义。干祖望说：“‘医者意也’，是中医熟悉的口头禅，不少古今文献中也屡屡言及。但十分可惜，纵然有过不少注解疏释，恨无一个解释得使人满意。”孟庆云指出：“‘医者意也’是古代医家对引发创新意识的概括，甚至把意引申为‘意象思维’，认为‘医者意也’为主流医学，是经验医学的特征之一” ，“‘意’是科学的思维能力。医生在临证时，为病人的病证无规范可循，或虽有规范其病情又不尽适合，在此情况下就要发挥医生的悟性，在体察精奥，殚思熟虑之后，突破思维定式，由意达物，打破常规，以理法的创新和方药的活用出奇制胜，获得疗效。”邢玉瑞认为：“医者意也”是中医直觉思维的总体。裘沛然指出：“医者意也，在人思虑”，意的最高境界就是“进与病谋，退与心谋。”
如果把意放在当代语境中去理解，可以有“意思、意见、意义、心意、意念、意象、意向、推理、思维”等多种理解和发挥，但在古代语境之中，意则有更多的内涵，需要我们认真体会，以当代人的思维去评判古人的思维方法是不准确的。需要进一步指出的是，古人所论“医者意也”，大多数医家是唯物的，以医理与思维结合，用心察病审机用药，而非无原则的以意念诊病行医，个别文学家甚或个别医家所描述的以意想推导治病，也有其客观的事实基础，极少凭空捏造，对此应作客观认识。以当今的思维去阐发“医者意也”，意即是医者的思维，把临床收集的资料加以综合、归纳、推理的临床思辨过程。