《黄帝内经》最早论述了天地阴阳、人体时间节律，如六十年甲子节律、年节律、五运节律、六气节律、季节律、月节律、日节律、脉象变动节律、疾病的时间节律等，一部《黄帝内经》，约有四分之一的篇幅论述各种时间节律。中医时间医学是研究时间节律与疾病关系的学说。中医时间医学研究的内容包括对人体时间节律规律诊断和治疗、用药的时间规律、时间预防和养生、采药的时间等研究内容。
1.天地阴阳节律
 地球围绕太阳公转，一圈为一年，历经春夏秋冬，年年如此，岁岁不移，因此，地球上万物也随地球的运动而受影响，地球自转产生日夜二十四小时，地球公转是产生五运六气理论的基础。《素问•至真要大论篇》云：“本乎天者，天之气也，本乎地者，地之气也，天地合气，六节分而万物化生矣。”
（1）六十甲子节律 
《素问•天元纪大论》云：“天以六为节，地以五为制。周天气者，六期为一备；终地纪者，五岁为一周……五六相合而七百二十气，为一纪，凡三十岁；千四百四十气，凡六十岁，而为一周，不及太过，斯皆见矣。”又云：“甲己之岁，土运统之，乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之。” 
六十年为气令变化的一大周期，每年各有不同，充分说明了天地阴阳的运行规律，古人用甲子纪年、月、日，这与现代天文学所论太阳、地球、月亮的周期规律是一致的。
（2）日月运行节律
《灵枢•岁露论》云：“人与天地相参也，与日月相应也。”又云：“乘年之衰，逢月之空，失时之和，因为贼风所伤，是谓三虚……逢年之盛，遇月之满，得时之和，虽有贼风邪气，不能危之也。” 《素问▪厥论篇》云：“春夏则阳气多而阴气少，秋冬则阴气盛而阳气衰。”《素问•宝命全形论篇》云：“人以天地之气生，四时之法成……人能应四时者，天地为之父母……人生有形，不离阴阳，天地合气，别为九野，分为四时，月有小大，日有短长，万物并至，不可胜量。”说明自然界天地阴阳之气与人体息息相通，人的各种生理活动及病理变化受到天地令节律等因素的影响。

《黄帝内经》指出，人体机能随月盈亏而变动。《素问▪八正神明论篇》云：“凡刺之法，必候日月星辰，四时八正之气，气定乃刺之。是故天温日明，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉。月始生，则血气始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。是以因天时而调血气也。是以天寒无刺，天温无疑。月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。因天之序，盛虚之时，移光定位，正立而待之。故日月生而泻，是谓脏虚；月满而补，血气扬溢，络有留血，命曰重实；月郭空而治，是谓乱经。阴阳相错，真邪不别，沉以留止，外虚内乱，淫邪乃起。”认识到人体与日月的运动、潮汐涨落有相关性，并指导临床治疗。
现今已证明，月球围绕地球公转不仅在地球上引起潮汐现象，而且对人体的代谢确有影响。如妇女月经周期，月球绕地球一周是29.53天，而大量统计资料表明女性月经周期平均是29.50天，基本上等于一个朔望月。
《内经》制定了时间治疗学的基本原则，提出了“从阴阳则生，逆阴阳则死，法天则地，随应而动”；“时必顺之”；“热无犯热，寒无犯寒”；“无失天信，无逆气宜”，针刺补泻，因时随迎等治则。
《素问•六元正纪大论篇》谓：“用寒远寒，用热远热”也是根据季节气候的变化不同，对人体生理病理的影响各异，而使用不同寒热温凉的药物治疗。
养生原则讲究春夏养阳、秋冬养阴，即顺应阳气去进行养生，春生夏长，顺应阳气之升以养；秋收冬藏，顺应阳气之藏以养。
（3）岁节律 
 在我国古代，岁与年是两个不同的概念。岁是指365天5小时48分的太阳回归年；年是指354日的太阴年。郑玄注《周礼•春官》曰：“中数曰岁，朔数曰年。”孔颖达《礼记•月令》疏：“中数者，谓十二月中气一周，总三百六十五日四分之一，谓之一岁；朔数者，谓十二月之朔一周，总三百五十四日，谓之年。”五运六气理论是以岁为基础。
每岁之运气是起始于甲子，天气始于甲，地气始于子，子甲相合为岁立，每年各有所主。《素问•六微旨大论篇》云：“天气始于甲，地气治于子，子甲相合，命曰岁立，谨候其时，气可与期。” 
人要适应天地运行规律，必先掌握每年的运气变化规律，适应天地之气的常化和变化。《素问•五常政大论篇》云：“必先岁气，无伐天和。”《素问•五运行大论篇》云：“子午之上，少阴主之；丑未之上，太阴主之；寅申之上，少阳主之；卯酉之上，阳明主之；辰戌之上，太阳主之；巳亥之上，厥阴主之。”《素问•天元纪大论篇》云：“子午之岁，上见少阴；丑未之岁，上见太阴；寅申之岁，上见少阳；卯酉之岁，上见阳明；辰戌之岁，上见太阳；巳亥之岁，上见厥阴。”
《素问•六元正纪大论篇》云：“岁半之前，天气主之；岁半之后，地气主之。”《素问•五运行大论》云：“先立其年，以知其气，左右应见。”
《灵枢•五变》云：“先立其年，以知其时，时高则起，时下则殆，虽不陷下，当年有冲通，其病必起，是谓因形而生病，五变之纪也。”
医者必明岁运与气候对人体发病的影响。《素问•六节藏象论篇》云：“不知年之所加，气之盛衰，虚实之所起，不可以为工矣。”
（4）季节律
《内经》中有四季、五季的不同概念，四季是根据天地阴阳消长规律而定，五季则是根据天体运行与五星定位、五行、五运规律而联属，五季与十月太阳历有关。《鹖冠子•环流》云：“斗柄东指，天下皆春；斗柄南指，天下皆夏；斗柄西指，天下皆秋；斗柄北指，天下皆冬。”
天地四时阴阳变化是万物生存的根本。《素问•四时调神大论篇》云：“四时阴阳者，万物之根本也。”
人与天地阴阳相应，四时之气相通。《素问•脏气法时论篇》云：“合人形以法四时五行而治。”《灵枢•顺气一日分为四时》云：“春生、夏长、秋收、冬藏，气之常也，人亦应之。”
四季：生命要顺应天地阴阳，法则天地，四季变化，阴阳交替，春生、夏长、秋收、冬藏，人体的气血与之相顺应，四时气候变化，对应人体相应脏腑，人体的脉象也随四时而变化。
《灵枢•逆顺云》：“气之逆顺者，所以应天地、阴阳、四时、五行也。”《灵枢•顺气一曰分为四时》云：“春生夏长，秋收冬藏，是气之常也，人亦应之。”《素问•六节脏象论》云：“心者，生之本……为阳中之太阳，通于夏气。肺者，气之本……为阳中之太阴，通于秋气。肾者……为阴中之少阴，通于冬气。肝者，罢极之本……为阳中之少阳，通于春气。” 
四时五季六气的运动变化与人体有着密切的联系。《素问•阴阳应象大论篇》云：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五脏，化五气，以生喜怒悲忧恐。” 《灵枢•顺气一日分为四时》云：“人有五脏，五脏有五变，五变有五输，故五五二十五输,以应五时。”
人的生理病理也与四时气候变化有密切的联系，疾病与异常的气令相关，四季的变化对人体发病是有影响的。《素问•金匮真言论篇》云：“东风生于春，病在肝，俞在颈项；南风生于夏，病在心，俞在胸胁；西风生于秋，病在肺，俞在肩背；北风生于冬，病在肾，俞在腰股。”《素问•脏气法时论篇》云：“肝主春,足厥阴少阳主治，其日甲乙，肝苦急,急食甘以缓之……病在肝，愈于夏，夏不愈，甚于秋，秋不死，持于冬，起于春。”《素问• 四气调神大论篇》云：“逆春气，则少阳不生，肝气内变。逆夏气，则太阳不长，心气内洞。逆秋气，则太阴不收，肺气焦满。逆冬气，则少阴不藏，肾气独沉……从阴阳则生，逆之则死，从之则治，逆之则乱。反顺为逆，是谓内格。”医者要知四时阴阳为万物的根本，治病之道在于顺应天时，否则灾害至，疾病起。《素问•四气调神大论》云：“夫四时阴阳者，万物之根本也……以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”
疾病的发生与自然界四时的异常气候有关联，如春天生东风，如果太过异常，影响人体肝脏；夏天生南风，异常则影响人体心脏；秋天生西风，异常则影响人体肺脏；冬天生北风，异常则影响人体肾脏。
《素问•金匮真言论篇》云：“东风生于春，病在肝，俞在颈项；南风生于夏，病在心，俞在胸胁；西风生于秋，病在肺，俞在肩背；北风生于冬，病在肾，俞在腰股；中央为土，病在脾，俞在脊。故春气者病在头，夏气者病在脏，秋气者病在肩背，冬气者病在四肢。”
《素问•阴阳应象大论篇》云：“冬伤于寒，春必温病；春伤于风，夏生飧泄；夏伤于暑，秋必痎疟；秋伤于湿，冬生咳嗽。”
人要顺应四时养生，和于阴阳，以防病治病。春天到来，万物以荣，要早睡早起，散步旅游，顺应春气之生发；夏天万物生长，要保持情绪稳定，享受阳光，适当运动，顺应阳气的发散；秋天凉燥，要早睡早起，保持平和的心态，收敛神气，勿使外泄，多食水果，清肺气，以应秋气；冬天要养精气，早睡晚起，减少运动，以应冬气闭藏。
《素问•四气调神大论篇》云：“春三月，此谓发陈，天地俱生，万物以荣，夜卧早起，广步于庭，被发缓形，以使志生，生而勿杀，予而勿夺，赏而勿罚，此春气之应，养生之道也。逆之则伤肝，夏为寒变，奉长者少。夏三月，此谓蕃秀，天地气交，万物华实，夜卧早起，无厌于日，使志无怒，使华英成秀，使气得泄，若所爱在外，此夏气之应，养长之道也。逆之则伤心，秋为痎疟，奉收者少，冬至重病。秋三月，此谓容平，天气以急，地气以明，早卧早起，与鸡俱兴，使志安宁，以缓秋刑，收敛神气，使秋气平，无外其志，使肺气清，此秋气之应，养收之道也，逆之则伤肺，冬为飧泄，奉藏者少。冬三月，此谓闭藏，水冰地坼，无扰乎阳，早卧晚起，必待日光，使志若伏若匿，若有私意，若已有得，去寒就温，无泄皮肤，使气亟夺，此冬气之应，养藏之道也。逆之则伤肾，春为痿厥，奉生者少……天地四时不相保，与道相失，则未央绝灭。唯圣人从之，故身无奇病，万物不失，生气不竭。逆春气，则少阳不生，肝气内变。逆夏气，则太阳不长，心气内洞。逆秋气，则太阴不收，肺气焦满。逆冬气，则少阴不藏，肾气独沉。夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”又云：“从阴阳则生，逆之则死，从之则治，逆之则乱。反顺为逆，是谓内格。”
（4）月节律
《内经》中有十二月节律、十月节律，主要以十二月节律，并与十月太阳历的十月节律有机结合。
 十二月：十二月之中，人气顺应每月的气候变化而自我调节，适应自然规律。如正月二月，人气在肝；三月四月，人气在脾；五月六月，人气在头；七月八月，人气在肺；九月十月，人气在心；十一月十二月，人气在肾。这是人气与天地相应，每月的运行规律。所以我们在临床实践中，要认识每月的发病特点，以指导治疗。《素问•诊要经终论篇》云：“正月二月，天气始方，地气始发，人气在肝。三月四月，天气正方，地气定发，人气在脾。五月六月，天气盛，地气高，人气在头。七月八月，阴气始杀，人气在肺。九月十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心。十一月十二月，冰复，地气合，人气在肾。”
《灵枢•五乱》云：“经脉十二者，以应十二月。十二月者，分为四时。四时者，春秋冬夏，其气各异。”
   《素问• 阴阳别论篇》云：“黄帝问曰：人有四经、十二从，何谓？岐伯对曰：四经应四时，十二从应十二月，十二月应十二脉。”
《灵枢•阴阳系日月》云：“寅者，正月之生阳也，主左足之少阳；未者六月，主右足之少阳。卯者二月，主左足之太阳；午者五月，主右足之太阳；辰者三月，主左足之阳明；巳者，四月主右足之阳明。此两阳合于前，故曰阳明。申者，七月之生阴也，主右足之少阴；丑者十二月，主左足之少阴；酉者八月，主右足之太阴；子者十一月，主左足之太阴；戌者九月，主右足之厥阴；亥者十月，主左足之厥阴。”
《素问•脉解篇》云：“正月阳气出在上而阴气盛，阳未得自次也，故肿腰脽痛也。病偏虚为跛者，正月阳气冻解地气而出也，所谓偏虚者，冬寒颇有不足者，故偏虚为跛也……九月阳气尽而阴气盛，故心胁痛也……五月盛阳之阴也，阳盛而阴气加之，故洒洒振寒也。所谓胫肿而股不收者，是五月盛阳之阴也，阳者衰于五月，而一阴气上，与阳始争，故胫肿而股不收也……十一月万物气皆藏于中，故曰病胀。所谓上走心为噫者，阴盛而上走于阳明，阳明络属心，故曰上走心为噫也。所谓食则呕者，物盛满而上溢，故呕也。所谓得后与气则快然如衰者，十二月阴气下衰，而阳气且出，故曰得后与气则快然如衰也……十月万物阳气皆伤，故腰痛也……三月阳中之阴，邪在中，故曰㿗疝少腹肿也。”
（5）二十四节气节律
《素问•六节藏象论篇》云：“五日谓之候，三候谓之气，六气谓之时，四时谓之岁，而各从其主治焉。五运相袭，而皆治之，终期之日，周而复始，时立气布，如环无端，候亦同法。”
二十四节气指大寒、立春、雨水、惊蛰、春分、清明、谷雨、立夏、小满、芒种、夏至、小暑、大暑、立秋、处暑、白露、秋分、寒露、霜降、立冬、小雪、大雪、冬至、小寒。
二十四节气是中历确定月名月序和设置闰月的凭藉，节气由太阳位置决定，反映太阳视运动。《淮南子•天文训》云：“两维之间九十一度(也)十六分度之五，而升日行一度，十五日为一节，以生二十四时之变。”北斗斗柄日行一度，十五天为一个节气，运行一周而产生二十四节气。
（6）昼夜节律 
一天之中，人的气血阴阳亦随天地阴阳的影响，我们知道，日夜的变化在于地球随太阳运动的自转，形成了昼夜，以分为阴阳。面向太阳则为白天，阳气生发；背向太阳，则为夜晚，阳气潜藏。人体的阳气呈现阳光规律，人体的阳气亦随天地阳气而变化。因此我们在养生、防病、治病过程中，要顺应阳气的特点，适阴阳而安居处。
《素问•生气通天论篇》云：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。是故暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露，反此三时，形乃困薄。”
《灵枢•营卫生会》云：“日中而阳陇为重阳，夜半而阴陇为重阴。故太阴主内，太阳主外，各行二十五度，分为昼夜。夜半为阴陇，夜半后而为阴衰，平旦阴尽而阳受气矣。日中为阳陇，日西而阳衰，日入阳尽而阴受气矣。夜半而大会，万民皆卧，命曰合阴。平旦阴尽而阳受气。如是无已，与天地同纪。”
《素问•金匮真言论篇》云：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也。”
《黄帝内经》在治法上强调：“从阴阳则生，逆阴阳则死，法天则地，随应而动”，“时必顺之”，“热无犯热，寒无犯寒”等，都是时间医学的具体体现。
《灵枢▪顺气一日分为四时》云：“夫百病者，多以旦慧昼安，夕加夜甚，何也？岐伯曰：四时之气使然。黄帝曰：愿闻四时之气。岐伯曰：春生夏长，秋收冬藏，是气之常也，人亦应之以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬。朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始衰，邪气始生，故加；夜半人气入藏，邪气独居于身，故甚也。”
日夜阴阳之气变化不同，人亦应之， 人体发生的疾病，有旦慧、午安、夕加、夜甚的特点，提示我们要预判疾病的发生发展变化规律，提前采取措施，以治未病。某些疾病，如阴虚的午后发热，湿温的身热不扬而午后加重，脾肾阳虚之五更泄泻等，也具有日夜的时相特征，亦当考虑择时治疗。 
（7）五运、六气节律
古人以十天干与十二地支相配甲子六十年，以五运五行为说理方法，探讨天地人相互关系，发现了天六、地五的运行规律，以木火土金水统运，以三阴三阳统气，运气相合，形成五运六气理论。广义的五运六气节律包括六气大司天节律、六十甲子节律、岁节律、司天在泉节律、五运节律、六气节律、初中节律等，狭义的单指五运节律、六气节律。
五运节律实指一岁五季节律，只是起始点不同。五运分主运和客运，以分主一年五季的气令不同变化， 以角、徴、宫、商、羽分别建于木、火、土、金、水五运之上，根据五音之太、少，推主时五运的太过不及，表现自然气化规律。
六气节律是把风、寒、暑、湿、燥、火六种气令配以三阴三阳，分为六气，后世以大寒日始（《内经》起始点在立春）为初之气，顺序为厥阴风木、少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金、太阳寒水，每气各主60.875天。《素问•六微旨大论篇》云：“所谓步者，六十度而有奇，故二十四步积盈百刻而成日也。”
六气分主气和客气。主气年年不变，岁岁不移。初之气，厥阴风木；二之气，少阴君火；三之气，少阳相火；四之气，太阴湿土；五之气，阳明燥金；终之气，太阳寒水。《素问•天元纪大论篇》云：“厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒水主之。所谓本也，是谓六元。”  
客气随年支的不同而变化，如客之往来，岁岁有变，反映三阴三阳之气变化，以说明一年二十四节气在不同年份、不同季节的特殊气化。以三阴三阳变化规律，周而复始之周期性变化，按六步气化排序：一阴厥阴风木，二阴少阴君火，三阴太阴湿土，一阳少阳相火，二阳阳明燥金，三阳太阳寒水。客气六步的名称：司天、在泉、左右二间气。《素问•六微旨大论篇》云：“上下有位，左右有纪，故少阳之右，阳明治之；阳明之右，太阳治之；太阳之右，厥阴治之；厥阴之右，少阴治之；少阴之右，太阴治之；太阴之右，少阳治之。”说的是客气运行规律。
六气运行有确切的时间规律。《素问•六微旨大论篇》云：“愿闻其岁，六气始终，早晏何如？岐伯曰：明乎哉问也！甲子之岁，初之气，天数始于水下一刻，终于八十七刻半；二之气，始于八十七刻六分，终于七十五刻；三之气，始于七十六刻，终于六十二刻半；四之气，始于六十二刻六分，终于五十刻；五之气，始于五十一刻，终于三十七刻半；六之气，始于三十七刻六分，终于二十五刻。所谓初六，天之数也。乙丑岁，初之气，天数始于二十六刻，终于一十二刻半；二之气，始于一十二刻六分，终于水下百刻；三之气，始于一刻，终于八十七刻半；四之气，始于八十七刻六分，终于七十五刻；五之气，始于七十六刻，终于六十二刻半；六之气，始于六十二刻六分，终于五十刻。所谓六二，天之数也。丙寅岁，初之气，天数始于五十一刻，终于三十七刻半；二之气，始于三十七刻六分，终于二十五刻；三之气，始于二十六刻，终于一十二刻半；四之气，始于一十二刻六分，终于水下百刻；五之气，始于一刻，终于八十七刻半；六之气，始于八十七刻六分，终于七十五刻。所谓六三，天之数也。丁卯岁，初之气，天数始于七十六刻，终于六十二刻半；二之气，始于六十二刻六分，终于五十刻；三之气，始于五十一刻，终于三十七刻半；四之气，始于三十七刻六分，终于二十五刻；五之气，始于二十六刻，终于一十二刻半；六之气，始于一十二刻六分，终于水下百刻。所谓六四，天之数也。次戊辰岁，初之气，复始于一刻，常如是无已，周而复始。”
(8)六气大司天节律 
《黄帝内经》运气理论研究了60年甲子周期规律，后人将其扩大，形成了六气大司天理论，它把运气理论中逐岁变化的司天之气扩大为60年为一变的大司天。
所谓六气大司天，即将《内经》60年甲子周期扩大至整个宇宙时空以研究五运六气，借助天干地支符号作为推演工具，以天干纪年确定某一时间段的司天之气和在泉之气，以探讨该时间段的运气规律。陆懋修以60年为一气，一气为一元，分上中下三元，自黄帝八年起第一甲子下元，至今已历经七十九甲子。自1984年至2043年，处于第七十九甲子下元，为厥阴风木司天，少阳相火在泉。
对元的记载在司马迁《史记•天官书》，在论及金星运行状况时有“其纪上元”之说。西汉刘歆在《三统历》中提出“三统两千三百六十三万九千四十，而复于太极上元”。北宋哲学家邵雍作《皇极经世》以“元会经世”理论以研究整个人类历史。邵雍曰：“元之元一，元之会十二，元之运三百六十，元之世四千三百二十。会之元十二，会之会一百四十四，会之运四千三百二十，会之世五万一千八百四十。运之元三百六十，运之会四千三百二十，运之运一十二万九千六百，运之世一百五十五万五千二百。世之元四千三百二十，世之会五万一千八百四十，世之运一百五十五万五千二百，世之世一千八百六十六万二千四百。”（《皇极经世•观物篇之六十》）。邵雍的思想，对后世哲学家、思想家、医学家都产生了影响。
受邵氏影响，明代韩懋、王肯堂、张介宾等人将其观点引入运气理论，至清代王丙、陆懋修逐步发展形成了六气大司天理论。
《韩氏医通•绪论章第一》云：“自开辟来，五气乘承，元会运世，自有气数，天地万物举不能逃。近世当是土运，是以人无疾而亦疾，此与胜国时多热不同矣。如俗称杨梅疮，自南行北，人物雷同，土湿生黴，当曰黴疮。读医书五运六气、南北二政，何以独止于一年一时而顿忘世运元会之统耶！” 此说后为汪机《运气易览》等引用。
王肯堂做“元会运世论”和“三元运气论”，全面将邵雍理论引入运气学说，并做“洛书三元九宫图”，以易理阐述运气之理。指出了天地阴阳之运气，《内经》之所载或有未备，并以元会运世理论分析了金元四家之说之不同是因为同会而不同运所形成的，并提出研究运气学说，要“先立其元，而后明其气”的新观点。
张介宾也非常重视元会运世理论。他在《类经图翼》以邵雍《皇极经世》为依据，附“元会经世总数”。并指出：“如一岁之统十二月，一月之统三十日，一日之统十二时，一时之统三十分；故一元之统十二会，一会之统三十运，一运之统十二世，一世之统三十年，而天地气运之道，盖乎此矣。惟是数之为学，圆通万变，大则弥纶宇宙，小则纤悉秋毫。”
明末清初医家费启泰（1590—1677年）阐发、扩大了大运、小运的概念。其在总结家学经验时发现疾病特征按三阴三阳（六气各主60年）的结构周期性变化，用以解释历代主流医家互相抵牾的医学主张，称之为大运。
《救偏琐言》云：“天以阴阳而运六气。运有大小，小则逐岁而更，大则六十年而易。”“民病之应乎运气，在大不在小。不可拘于小节，遗其本而专事其末也。病而于小大俱合，无论矣。有于大运则合，岁气相违者，自从其大而略变其间也，此常理也。”以六十年为运的基本单位，去探讨更为广泛的运气规律是为大运。其在《救偏琐言•治痘须知大运论》中说：“尝稽东垣一以保脾为主，河间一以滋阴为重，子和一以涤荡为先，皆能表于世，总得挈领提纲，故得一本万殊之妙。不则当年岂无岁气而各取其一耶？至于痘症，有独取于辛热，有得意于寒凉，有扼要于保元，是亦治痘之明手，何不见有逐年之分别耶？要知大运之使然，非三氏之偏颇也。”
费氏认为：“民病之应乎运气，在大不在小……病而于大小俱和，无论矣。有于大运则和岁气相违者，自从其大而略变其间也，此常理也。间有于小则和于大则违，更有于大运岁气俱违者，偶尔之变，亦当因其变而变应之。”
在费启泰基础上，王丙、陆懋修更名为六气大司天，进一步讨论了历代医学思想流变与六气大司天的关联。
王丙（1733—1803年）在《伤寒论附余》中云：“愚常思之，《内经》云：天以六为节，地以五为制，五六相合而七百二十气凡三十岁而为一纪，千四百四十气凡六十岁而为一周，不及太过斯可见矣。今宗斯训，扩而大之，以三百六十年为一大运，六十年为一大气，五运六气迭乘，满三千六百年为一大周。”
王丙的曾外孙陆懋修（1815—1887年）继承了六气大司天之学并予以发扬。陆懋修说：“本于外曾祖王朴庄先生引《内经》七百二十气凡三十岁而为一纪，千四百四十气凡六十岁而为一周，扩而大之，以三百六十年为一大运，六十年为一大气……遂以知古人之用寒用温，即各随其所值之大司天以为治。而在其人，道与时合。往往有不自知者，其人而当湿土寒水、寒水湿土之运，则以温散温补为治者，非偏矣。其人而当风火火风、燥火火燥之运，则以清泻清滋为治者，非偏矣。”
陆氏作大司天三元甲子考，依据明薛方山先生作《甲子会记》，排列了自黄帝八年到淸同治三年的干支纪年序列，按照六气之序（厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳），分别标记了各个甲子的司天、在泉之气，并以此为依据，分析了历代医家的临床用药特点，明辨了医家流派的形成与六气大司天的关系。指出：“由是而知仲景之用青龙、白虎汤也，以其所值为风火也；守真辟朱肱用温之误，申明仲景用寒之治，为三已效方，三一承气也，以其所值为燥火也；东垣以脾胃立论，专事升阳者，以其所值为寒湿也；丹溪以知柏治肾，专事补阴者，以其所值又为燥火也。明乎此，而知古圣昔贤著书立说，都是补偏救弊之人。”因此，他强调“欲明前人治法之非偏，必先明六气司天之为病。” 
当代柯资能系统研究了明清医家如韩懋、费启泰及陆懋修等关于运气大周期的相关工作，指出六气大司天来自费启泰的经验总结，套用的是玄空的时空框架，与邵雍的周期并不合拍。柯氏等人借助前人权威的分析结果，对主要历代医家学术主张、用药偏好进行统计，发现处于一、二、五、六之气的医家主张与六气大司天契合的占76.5%，处于三、四之气的仅9.5%契合。故而提出：假如用经过调整后的皇极经世大运改造大司天理论，即把360年当成一个“大年”，其主气模式为“厥阴、少阴、少阳、太阴、阳明、太阳”，即对调三、四之气的次序。调整后：整体上用药主张与“大年”的六气主气明显相符的占76.4％，说明“大年”的主气即相当于24节气的变化对疾病谱的大周期变化起主要作用。可见六气大司天理论解释一、二、五、六气相当成功但存在系统缺陷，可以通过改造融入调整后的皇极经世运气说中。（详见《运气大周期与疾病谱大周期趋势概述》及相关论文报告）
 2.人体时间节律
（1）人体生命时间节律
《内经》论述了人体生长壮老已的生命规律以及养生原则。
《素问•上古天真论篇》云：“女子七岁，肾气盛，齿更发长。二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子。三七，肾气平均，故真牙生而长极。四七，筋骨坚，发长极，身体盛壮。五七，阳明脉衰，面始焦，发始堕。六七，三阳脉衰于上，面皆焦，发始白。七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。丈夫八岁，肾气实，发长齿更。二八，肾气盛，天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子。三八，肾气平均，筋骨劲强，故真牙生而长极。四八，筋骨隆盛，肌肉满壮。五八，肾气衰，发堕齿槁。六八，阳气衰竭于上，面焦，发鬓颁白。七八，肝气衰，筋不能动，天癸竭，精少，肾藏衰，形体皆极。八八，则齿发去。 帝曰：有其年已老而有子者何也？歧伯曰：此其天寿过度，气脉常通，而肾气有余也。此虽有子，男不过尽八八，女不过尽七七，而天地之精气皆竭矣。帝曰：夫道者年皆百数，能有子乎？歧伯曰：夫道者能却老而全形，身年虽寿，能生子也。”
《灵枢•天年》云：“人生十岁，五脏始定，血气已通，其气在下，故好走。二十岁，血气始盛，肌肉方长，故好趋。三十岁，五脏大定，肌肉坚固，血脉盛满，故好步。四十岁，五脏六腑十二经脉，皆大盛以平定，腠理始踈，荣华颓落，发颇斑白，平盛不摇，故好坐。五十岁，肝气始衰，肝叶始薄，胆汁始灭，目始不明。六十岁，心气始衰，苦忧悲，血气懈惰，故好卧。七十岁，脾气虚，皮肤枯。八十岁，肺气衰，魄离，故言善误。九十岁，肾气焦，四脏经脉空虚。百岁，五脏皆虚，神气皆去，形骸独居而终矣。” 
《素问•阴阳应象大论篇》云：“能知七损八益，则二者可调，不知用此，则早衰之节也。年四十，而阴气自半也，起居衰矣；年五十，体重，耳目不聪明矣；年六十，阴痿，气大衰，九窍不利，下虚上实，涕泣俱出矣。故曰：知之则强，不知则老，故同出而名异耳。智者察同，愚者察异，愚者不足，智者有余，有余则耳目聪明，身体轻强，老者复壮，壮者益治。是以圣人为无为之事，乐恬惔之能，从欲快志于虚无之守，故寿命无穷，与天地终，此圣人之治身也。”
（2）营卫气血运行节律
《内经》对营卫气血的生理病理规律论述非常透彻。《灵枢•五十营》云：“黄帝曰：余愿闻五十营奈何？岐伯答曰：天周二十八宿，宿三十六分，人气行一周，千八分。日行二十八宿，人经脉上下、左右、前后二十八脉，周身十六丈二尺，以应二十八宿，漏水下百刻，以分昼夜。故人一呼，脉再动，气行三寸，一吸，脉亦再动，气行三寸，呼吸定息，气行六寸。十息气行六尺，日行二分，二百七十息，气行十六丈二尺，气行交通于中，一周于身，下水二刻，日行二十五分，五百四十息，气行再周于身，下水四刻，日行四十分，二千七百息，气行十周于身，下水二十刻，日行五宿二十分，一万三千五百息，气行五十营于身，水下百刻，日行二十八宿，漏水皆尽，脉终矣。所谓交通者，并行一数也，故五十营备，得尽天地之寿矣，凡行八百一十丈也。”
《灵枢•营卫生会》云：“卫气行于阴二十五度，行于阳二十五度，分为昼夜，故气至阳而起，至阴而止。故曰：日中而阳陇为重阳，夜半而阴陇为重阴。故太阴主内，太阳主外，各行二十五度，分为昼夜。夜半为阴陇，夜半后而为阴衰，平旦阴尽而阳受气矣。日中为阳陇，日西而阳衰，日入阳尽而阴受气矣。夜半而大会，万民皆卧，命曰合阴。平旦阴尽而阳受气，如是无已，与天地同纪。”
《灵枢•卫气行》云：“黄帝问于岐伯曰：愿闻卫气之行，出入之合，何如？岐伯曰：岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。天周二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴为纬，虚张为经。是故房至毕为阳，昴至心为阴，阳主昼，阴主夜。故卫气之行，一日一夜五十周于身，昼日行于阳二十五周，夜行于阴二十五周，周于五脏。是故平旦阴尽，阳气出于目，目张则气上于头，循项下足太阳，循背下至小指之端。其散者，别于目锐眦，下手太阳，下至手小指之间外侧。其散者，别于目锐眦，下足少阳，注小指次指之间。以上循手少阳之分，侧下至小指之间。别者以上至耳前，合于颔脉，注足阳明，以上行至跗上，入五指之间。其散者，从耳下下手阳明，入大指之间，入掌中。其至于足也，入足心，出内踝下，行阴分，复合于目，故为一周。是故日行一舍，人气行一周与十分身之八；日行二舍，人气行二周于身与十分身之六；日行三舍，人气行于身五周与十分身之四；日行四舍，人气行于身七周与十分身之二；日行五舍，人气行于身九周；日行六舍，人气行于身十周与十分身之八；日行七舍，人气行于身十二周在身与十分身之六；日行十四舍，人气二十五周于身有奇分与十分身之二，阳尽于阴，阴受气矣。其始入于阴，常从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾为周。是故夜行一舍，人气行于阴脏一周与十分藏之八，亦如阳行之二十五周，而复合于目。阴阳一日一夜，合有奇分十分身之四，与十分藏之二，是故人之所以卧起之时有早晏者，奇分不尽故也。 黄帝曰：卫气之在于身也，上下往来不以期，候气而刺之奈何？伯高曰：分有多少，日有长短，春秋冬夏，各有分理，然后常以平旦为纪，以夜尽为始。是故一日一夜，水下百刻，二十五刻者，半日之度也，常如是毋已，日入而止，随日之长短，各以为纪而刺之。谨候其时，病可与期，失时反候者，百病不治。故曰：刺实者，刺其来也；刺虚者，刺其去也。此言气存亡之时，以候虚实而刺之。是故谨候气之所在而刺之，是谓逢时。在于三阳，必候其气在于阳而刺之；病在于三阴，必候其气在阴分而刺之。水下一刻，人气在太阳；水下二刻，人气在少阳；水下三刻，人气在阳明；水下四刻，人气在阴分。水下五刻，人气在太阳；水下六刻，人气在少阳；水下七刻，人气在阳明；水下八刻，人气在阴分。水下九刻，人气在太阳；水下十刻，人气在少阳；水下十一刻，人气在阳明；水下十二刻，人气在阴分。水下十三刻，人气在太阳；水下十四刻，人气在少阳；水下十五刻，人气在阳明；水下十六刻，人气在阴分。水下十七刻，人气在太阳；水下十八刻，人气在少阳；水下十九刻，人气在阳明；水下二十刻，人气在阴分。水下二十一刻，人气在太阳；水下二十二刻，人气在少阳；水下二十三刻，人气在阳明；水下二十四刻，人气在阴分。水下二十五刻，人气在太阳，此半日之度也。从房至毕一十四舍，水下五十刻，日行半度，回行一舍，水下三刻与七分刻之四。“大要”曰：常以日之加于宿上也，人气在太阳。是故日行一舍，人气行三阳行与阴分，常如是无已，天与地同纪，纷纷昐昐，终而复始，一日一夜，水下百刻而尽矣。”
《灵枢•根结》云：“一日一夜五十营，以营五脏之精，不应数者，名曰狂生。所谓五十营者，五脏皆受气。持其脉口，数其至也，五十动而不一代者，五脏皆受气；四十动一代者，一脏无气；三十动一代者，二脏无气；二十动一代者，三脏无气；十动一代者，四脏无气；不满十动一代者，五脏无气。予之短期，要在终始。所谓五十动而不一代者，以为常也，以知五脏之期。予之短期者，乍数乍踈也。”
（3）经络补泻节律
《内经》还制定了时间治疗学的基本原则，如因时针刺补泻等。《素问•痿论篇》云：“各补其荥而通其俞，调其虚实，和其逆顺，筋脉骨肉，各以其时受月，则病已矣。”
《难经▪七十四难》云：“经言，春刺井，夏刺荥，季夏刺俞，秋刺经，冬刺合者，何谓也？然。春刺井者，邪在肝；夏刺荥者，邪在心；季夏刺俞者，邪在脾；秋刺经者，邪在肺；冬刺合者，邪在肾。”
针灸中的“子午流注针法”即是后世根据不同时辰而有取经与取穴的特异性，是时间医学的具体表现。
（4）脉节律
《内经》论述了人体生理、病理与天地阴阳脉象节律，所论甚多，简要举例说明。
《素问•脉要精微论篇》云：“万物之外，六合之内，天地之变，阴阳之应，彼春之暖，为夏之暑，彼秋之忿，为冬之怒，四变之动，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。是故冬至四十五日，阳气微上，阴气微下；夏至四十五日，阴气微上，阳气微下。阴阳有时，与脉为期，期而相失，知脉所分，分之有期，故知死时。微妙在脉，不可不察，察之有纪，从阴阳始，始之有经，从五行生，生之有度，四时为宜，补泻勿失，与天地如一，得一之情，以知死生。是故声合五音，色合五行，脉合阴阳……是故持脉有道，虚静为保。春日浮，如鱼之游在波；夏日在肤，泛泛乎万物有余；秋日下肤，蛰虫将去；冬日在骨，蛰虫周密，君子居室。故曰：知内者按而纪之，知外者终而始之。此六者，持脉之大法。”
   《素问•玉机真藏论篇》云：“黄帝问曰：春脉如弦，何如而弦？岐伯对曰：春脉者肝也，东方木也，万物之所以始生也，故其气来，软弱轻虚而滑，端直以长，故曰弦，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。帝曰：春脉太过与不及，其病皆何如？岐伯曰：太过则令人善忘，忽忽眩冒而巅疾；其不及，则令人胸痛引背，下则两胁胠满。帝曰：善。夏脉如钩，何如而钩？岐伯曰：夏脉者心也，南方火也，万物之所以盛长也，故其气来盛去衰，故曰钩，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其气来盛去亦盛，此谓太过，病在外；其气来不盛去反盛，此谓不及，病在中。帝曰：夏脉太过与不及，其病皆何如？岐伯曰：太过则令人身热而肤痛，为浸淫；其不及则令人烦心，上见咳唾，下为气泄。帝曰：善。秋脉如浮，何如而浮？岐伯曰：秋脉者肺也，西方金也，万物之所以收成也，故其气来，轻虚以浮，来急去散，故曰浮，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其气来，毛而中央坚，两傍虚，此谓太过，病在外；其气来，毛而微，此谓不及，病在中。帝曰：秋脉太过与不及，其病皆何如？岐伯曰：太过则令人逆气而背痛，愠愠然；其不及则令人喘，呼吸少气而咳，上气见血，下闻病音。帝曰：善。冬脉如营，何如而营？岐伯曰：冬脉者肾也，北方水也，万物之所以合藏也，故其气来沉以搏，故曰营，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其气来如弹石者，此谓太过，病在外；其去如数者，此谓不及，病在中。帝曰：冬脉太过与不及，其病皆何如？岐伯曰：太过则令人解亦，脊脉痛而少气，不欲言；其不及，则令人心悬如病饥，A2T9中清，脊中痛，少腹满，小便变。”
    《素问•宣明五气篇》云：“五邪所见：春得秋脉，夏得冬脉，长夏得春脉，秋得夏脉，冬得长夏脉，名曰阴出之阳，病善怒不治。是谓五邪，皆同命，死不治。”
《素问•平人气象论篇》云：“肝见庚辛死，心见壬癸死，脾见甲乙死，肺见丙丁死，肾见戊己死，是谓真藏见，皆死…… 脉有逆从四时，未有藏形，春夏而脉瘦，秋冬而脉浮大，命曰逆四时也。风热而脉静，泄而脱血，脉实，病在中，脉虚，病在外，脉涩坚者，皆难治，命曰反四时也。”
《内经》通过论述天地阴阳时间规律和人体生理、病理、疾病时间规律，指出了疾病的发生、缓解、传变、加重、死亡时间规律，指导养生保健和临床治疗，《伤寒杂病论》亦有大量的时间节律论述，因此研究中医时间医学是非常有必要的，因时辨证是天地人病时系统辨证理论体系中重要的环节，临床应用可以简单的掌握发病时间、疾病加重时间、疾病传变时间、了解病欲解时间，就可以明显提高临床疗效，在此基础上，可以进一步探讨子午流注等临床方法，深入开展中医时间医学研究。