从历史唯物主义来认识，中医学是客观唯物的科学。由于时代的限制，以当时的认识水平和分析事物的方法，古人以所能观察到的天地自然现象和人体生命的外在表象，探讨天人相应的规律，生命的运动规律和形神精气的关系，以及疾病的发生与预防等问题。
1以元气论为基础的生命观
古代的生命观是受古代哲学的世界观和方法论影响。《老子•四十二章》指出：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”一是指太极。《易•系辞》云：“天地氤氲，万物化醇。”二是指阴阳。《老子•四十二章》云：“万物负阴而抱阳，冲气以为和。”《易•系辞》云：“一阴一阳之谓道。”三是指自然。大自然包含太极、阴阳、五行、五运变化，自然化生万物。《老子•二十五章》云：“有物混成，先天地生……人法地，地法天，天法道，道法自然。”
《素问•天元纪大论》云：“在天为气，在地成形，形气相感而化生万物矣。”万物化生，源于天、地和形气相感，三生万物。植物的化生源于天气、地气和自然传播的种子；无腿和双肢动物产生于天气、地气和排卵；四肢动物产生于天气、地气和精卵结合；人的产生源于天气、地气、精气（精卵结合）。
《素问•宝命全形论》云：“人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。”又云：“人以天地之气生，四时之法成。”元气是宇宙本原之气，天地间充满元气，人得元气而始有生命。人之气源于天地，但进入人体后成为保持生命的物质基础之一。《灵枢•决气》云：“人有精、气、津、液、血、脉，余意以为一气耳。”《庄子•知北游》云：“人之生，气之聚也。”
2生命结构的整体观
中医学认为，人体是一个有机的整体，五脏六腑、经络、四肢百骸相联属，人与天地相应。人体以五脏为核心，以五行学说为说理方法，各个脏腑组织在生理、病理互相联系、互相影响。《素问•生气通天论》云：“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五脏、十二节，皆通乎天气，其生五，其气三。”《素问•天元纪大论》云：“人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐。”
3形气精神为一体的物质观
中医学认为，气是生命的本原，精气产生生命的物质基础，形神统一在人体，气血阴阳是生命活动的物质基础。
张介宾曰：“人之生也，必合阴阳之气，媾父母之精，两精相搏，形神乃成。”《灵枢•天年》云：“以母为茎，以父为楯。”《灵枢•本神》云：“天之在我者德也，地之在我者气也。德流气薄而生者也。故生之来谓之精，两精相搏谓之神。”杨上善注曰：“雄雌两神相搏，其成一形，先我身生，故谓之精也。”
《灵枢•天年》又云：“血气已和，荣卫已通，五脏已成，魂魄毕具，乃成为人。”《素问•金匮真言论》云：“夫精者，身之本也。”《灵枢•脉经》云：“人始生，先成精，精成而脑髓生，骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长。”《素问•遗篇•刺法论》云：“精气不散，神守不分。”《素问•上古天真论》云：“故能形与神俱，而尽终其天年。”
4物质的运动观
中医学认为，气是维持生命活动的物质基础，气的运动变化及其伴随发生的能量转化过程称之为“气化”。气化运动是生命的基本特征，没有气化就没有生命。《素问•六微旨大论》云：“出入废，则神机化灭；升降息，则气立孤危。故非出入，则无以生、长、壮、老、已；非升降，则无以生、长、化、收、藏。故器者，生化之宇，器散则分之，生化息矣。”《格致余论•相火论》云：“天主生物，故恒于动，人之有生，亦恒于动。”
5认识疾病的唯物辨证观
疾病的外因是天地运动所形成的。《素问•阴阳应象大论》云：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥风。”《素问•天元纪大论》云：“天有五行御五位，以生寒暑燥湿风。”中医学的病因有三因学说，包括内因、外因和不内外因。外因为风寒暑湿燥火六淫，内因为人体气血阴阳的不正常变化，不内外因为虫兽、饮食劳倦、外力等的作用，充分体现唯物思想。
在病机方面，《黄帝内经》提出了病机十九条，充分体现了唯物思想。
在治疗方面，中医学不但提出了“因地、因人、因时”的三因制宜，而且提出了标本缓急、正治反治、异法方宜、病治异同、治未病等，符合现代辨证唯物主义的唯物辨证法思想。