中医理论有四条魂，贯穿于中医理论终始。四条灵魂分别是：天人相应、阴阳、五行、三阴三阳。天人相应是古人认识世界的思想和方法，体现在《内经》理论的方方面面，而五运六气理论是对天人相应思想的具体表达，其地位和作用被当代所弱化。阴阳、五行贯穿于中医学理论，当代认为阴阳、五行是中医学的说理工具，其内涵和意义也没有完全发挥经意。三阴三阳在当代中医理论中只保留了概念性的认识。
1 天人相应
天人相应理论是中医学理论的核心，是中医理论之魂，五运六气理论是天人相应理论的具体应用和表达，是魂中之魂，人法天地而生，人是天地整体的一个有机成分。陈无择曰：“夫五运六气，乃天地阴阳运行之常道也。”
(1)天体运行影响自然界万物，人是自然的一部分  我国自有文字记载，就有对天象的观测记录。《尚书•尧典》云：“乃命羲和，钦若昊天，历象日月星辰，敬授人时。”
《素问•天元纪大论》云:“太虚廖廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，㧾统坤元，九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”说明了天地自然地生化规律。《素问•宝命全形论》云：“天地合气，命之曰人”，“人以天地之气生，四时之法成。”《素问•六节脏象论》云：“天食人以五气，地食人以五味。”说明万物资始，天地化人，人的生存依赖天地以供养。
自然之道在于天、地、人的和谐，人和万物的生长壮老已在于天地之气的运动变化。《素问•气交变大论》云：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以长久。此之谓也。帝曰：何谓也？岐伯曰：本气位也。位天者，天文也；位地者，地理也；通于人气之变化者，人事也。故太过者先天，不及者后天，所谓治化而人应之也。”
（2）自然因素影响人体健康与发病
人体的生理、病理与天地相应：日月、星辰（五大行星、北斗）、潮汐、不同的年份、四季、五季、二十四节气、日夜等对人体的生理和病理都有内在的联系和影响。《素问•生气通天论》云：“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五脏、十二节，皆通乎天气。”《灵枢•经别》云：“余闻人之合于天道也，内有五脏，以应五音、五色、五时、五味、五位也；外有六腑，以应六律，六律建阴阳诸经而合之十二月、十二辰、十二节、十二经水、十二时、十二经脉者，此五脏六腑之所以应天道。”
日月：日月的运动变化对人体的生理病理有明显的影响，人体之气与天地相通，顺应四时变化，人身之阳气靠阳光滋养以温煦，人体气血随月亮的运动而表现盈虚变化。
《素问•生气通天论》云：“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五藏、十二节，皆通乎天气。”又：“阳气者若天与日，失其所，则折寿而不彰，故天运当以日光明。是故阳因而上，卫外者也。”《素问•上古天真论》云：“法则天地，象似日月，辨列星辰，逆从阴阳，分别四时。”《灵枢•岁露》云：“人与天地相参也，与日月相应也。故月满则海水西盛，人血气积，肌肉充，皮肤致，毛发坚，腠理郄，烟垢著。当是之时，虽遇贼风，其入浅不深。至其月郭空，则海水东盛，人气血虚，其卫气去，形独居，肌肉减，皮肤纵，腠理开，毛发残，膲理薄，烟垢落。当是之时，遇贼风则其入深，其病人也卒暴。”
因此，如果日月的运动变化出现异常，则邪气侵害人体，治疗上要充分考虑日月运动对人体的影响，辨证论治。《素问•四气调神大论》云：“天明则日月不明，邪害空窍。”《素问•八正神明论》云：“凡刺之法，必候日月星辰，四时八正之气，气定乃刺之。是故天温日明，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣，而卫气沉。月始生，则血气始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。是以因天时而调血气也。是以天寒无刺，天温无凝。月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。因天之序，盛虚之时，移光定位，正立而待之。故曰月生而泻，是谓脏虚；月满而补，血气扬溢，络有留血，命曰重实；月郭空而治，是谓乱经。”
星辰八正：五大行星、二十八宿的运行，对人体经脉、气血阴阳也产生影响。人身气血运行上应二十八宿，五行之气贯通天地五脏。
《素问•八正神明论》云：“星辰者，所以制日月之行也。八正者，所以候八风之虚邪以时至者也……以日之寒温，月之虚盛，四时气之浮沉，参伍相合而调之，工常先见之，然而不形于外，故曰观于冥冥焉。”《圣济经》云：“五行之气，上应五星，内彻五脏。”《灵枢•五十营》云：“天周二十八宿，宿三十六分。人气行一周，千八分。日行二十八宿，人经脉上下、左右、前后二十八脉，周身十六丈二尺，以应二十八宿。”
自然界的气候变化与五星运动亦有密切的联系，岁候太过与不及影响人体生理病理，如岁木太过，上应岁星的变化，风气流行，根据五行生克规律，木克土，影响脾的生理功能，脾土容易感受邪气，产生疾病，临证应顺天而治。《素问•气交变大论》云：“夫子之言岁候，其不及太过，而上应五星……承天而行之，故无妄动，无不应也。卒然而动者，气之交变也，其不应焉。”又云：“岁木太过，风气流行，脾土受邪……上应岁星……化气不正……上应太白星。”《素问•六元正纪大论》云：“太阳司天之政……水土合德，上应辰星、镇星。”
岁运：岁运的变化对人体疾病也有明显的影响。不同的年份，有太过不及之殊；同一年之中，主运、客运会相互作用，对气候和人体产生影响；主气、客气会化生不同的气象变化，影响人体健康与发病。所以治病必须要了解每一年的岁运、客运和客气，以及司天、在泉，以及他们之间的相互作用对人体所产生的影响。
《素问•六节脏象论》云：“五日谓之候，三候谓之气，六气谓之时，四时谓之岁，而各从其主治焉。五运相袭，而皆治之，终期之日，周而复始，时立气布，如环无端，候亦同法。故曰：不知年之所加，气之盛衰，虚实之所起，不可以为工矣。”《灵枢•五变》云：“先立其年，以知其时。时高则起，时下则殆，虽不陷下，当年有冲通，其病必起，是谓因形而生病，五变之纪也。”
四季：生命要顺应天地阴阳，法则天地，四季变化，阴阳交替，春生、夏长、秋收、冬藏，人体的气血与之相顺应，四时气候变化，对应人体相应脏腑，人体的脉象也随四时而变化。
《灵枢•逆顺》云：“气之逆顺者，所以应天地、阴阳、四时、五行也。”《灵枢•顺气一曰分为四时》云：“春生、夏长、秋收、冬藏，气之常也，人亦应之。”《素问•脉要精微论》云：“春日浮，如鱼之游在波；夏日在肤，泛泛乎万物有余；秋日下肤，蛰虫将去；冬日在骨，蛰虫周密，君子居室。”
  疾病的发生与自然界四时的异常气候有关联，如春天生东风，如果太过异常，影响人体肝脏；夏天生南风，异常则影响人体心脏；秋天生西风，异常则影响人体肺脏；冬天生北风，异常则影响人体肾脏。
《素问•金匮真言论》云：“东风生于春，病在肝，俞在颈项；南风生于夏，病在心，俞在胸胁；西风生于秋，病在肺，俞在肩背；北风生于冬，病在肾，俞在腰股；中央为土，病在脾，俞在脊。故春气者病在头，夏气者病在藏，秋气者病在肩背，冬气者病在四肢。”《素问•阴阳应象大论》云：“冬伤于寒，春必温病；春伤于风，夏生飧泄；夏伤于暑，秋必痎疟；秋伤于湿，冬生咳嗽。”又云：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。” 
（3）养生治未病：人要顺应四时养生，和于阴阳，以防病治病。春天到来，万物以荣，要早睡早起，散步旅游，顺应春气之生发；夏天万物生长，要保持情绪稳定，享受阳光，适当运动，顺应阳气的发散；秋天凉燥，要早睡早起，保持平和的心态，收敛神气，勿使外泄，多食水果，清肺气，以应秋气；冬天要养精气，早睡晚起，减少运动，以应冬气闭藏。
《素问•四气调神大论》云：“春三月，此谓发陈，天地俱生，万物以荣，夜卧早起，广步于庭，被发缓形，以使志生，生而勿杀，予而勿夺，赏而勿罚，此春气之应，养生之道也。逆之则伤肝，夏为寒变，奉长者少……夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”又云：“从阴阳则生，逆之则死，从之则治，逆之则乱。反顺为逆，是谓内格。”
十二月：十二月之中，人气顺应每月的气候变化而自我调节，适应自然规律。如正月二月，人气在肝；三月四月，人气在脾；五月六月，人气在头；七月八月，人气在肺；九月十月，人气在心；十一月十二月，人气在肾。这是人气与天地相应，每月的运行规律。所以我们在临床实践中，要认识每月的发病特点，以指导治疗。
《灵枢•五乱》云：“经脉十二者，以应十二月。十二月者，分为四时。四时者，春秋冬夏，其气各异。”《素问•脉解》云：“正月阳气出在上，而阴气盛，阳未得自次也，故肿腰椎痛也。病偏虚为跛者，正月阳气冻解地气而出也，所谓偏虚者，冬寒颇有不足者，故偏虚为跛也。”
昼夜：我们知道，日夜的变化在于地球随太阳运动的自转，形成了昼夜，以分为阴阳。面向太阳则为白天，阳气生发；背向太阳，则为夜晚，阳气潜藏。人体的阳气呈现阳光规律，因此我们在养生、防病、治病过程中，要顺应阳气的特点，适阴阳而安居处。
《素问•生气通天论》云：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。是故暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露，反此三时，形乃困薄。”《灵枢•营卫生会》云：“日中而阳陇为重阳，夜半而阴陇为重阴。故太阴主内，太阳主外，各行二十五度，分为昼夜。夜半为阴陇，夜半后而为阴衰，平旦阴尽而阳受气矣。日中为阳陇，日西而阳衰，日入阳尽而阴受气矣。夜半而大会，万民皆卧，命曰合阴。平旦阴尽而阳受气。如是无已，与天地同纪。”
人体发生的疾病，有旦慧、午安、夕加、夜甚的特点，提示我们要预判疾病的发生发展变化规律，提前采取措施，以治未病。
《灵枢•顺气一日分为四时》云：“夫百病者，多以旦慧、昼安、夕加、夜甚……春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也，人亦应之。以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬。朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始衰，邪气始生，故加；夜半人气入脏，邪气独居于身，故甚也。”
由是可见，天人相应思想贯穿中医理论，是中医理论之魂，五运六气理论是天人相应思想的具体表达，是魂中之魂。
2 阴阳   
远古对自然界的认识应该是基于阴阳，阴阳源于古人对日月昼夜的认识，阴阳本原地球的自转。这在《内经》中可以有所体现。《灵枢•阴阳系日月》云：“黄帝曰：余闻天为阳，地为阴，日为阳，月为阴。”《灵枢•营卫生会》云：“卫气行于阴二十五度，行于阳二十五度，分为昼夜。”《灵枢》的这些认识，可以看出古人对阴阳认识的肇源。
 阴阳观念的萌生可远溯至伏羲、尧舜时代，人们对阴阳的认识逐步扩大，把向日为“阳”，背日为“阴”，山之南阳光多为阳，山之北阳光少为阴；把男人为阳，女人为阴。《素问•生气通天论》云：“阳气者，若天与日，失其所则折寿而不彰。故天运当以日光明，是故阳因而上，卫外者也。”
传说伏羲发现河图，大禹发现洛书。二者皆是以符号标注阴阳。大约4000多年前，古人发明了圭表，并以圭表测影，观察一天、四季、一年阴阳变化，于是产生了太极图，并由此产生二十四节气概念。在阴阳概念的基础上，进一步分为四象、八卦，以先天八卦对应河图，说明天道；以后天八卦对应洛书，说理地道。
在夏商之际出现了三易：连山、归藏、周易。连山、归藏已失传，留给我们的《周易》揭示了古代文明的肇源。《周礼•春官宗伯第三•筮人》云：“筮人掌三易，以辨九筮之名：一曰《连山》，二曰《归藏》，三曰《周易》”。《帝王世纪》云：“庖犠作八卦，神农重之为六十四卦，黄帝、尧、舜引而申之，分为二易。至夏人因炎帝曰《连山》，殷人因黄帝曰《归藏》，文王广六十四卦，著九六之爻，谓之《周易》。”
创制“阴阳”一词，明确阴阳概念，则是殷周时代才有的文化特征，殷代龟甲卜辞里就已有大量关于“阴阳”、“晦日”的记载。由于古人对二十八宿的认识久远，此时古人以阴阳描述二十八宿的运行是可能的。《灵枢•卫气行》云：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。天周二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴为纬，虚张为经，是故房至毕为阳，昴至心为阴，阳主昼，阴主夜。”
 后经春秋到战国中、后期，阴阳观念始发展、演变成一种概念形态。《诗经•公刘》云：“既景遒岗，相其阴阳。”阴阳成为阴阳家、道家、儒家、法家、农家等诸子百家普遍的理论基础，成为古人的思想观和方法论，并把阴阳赋以象数的内涵。此时《易经》理论诞生，《周易》包括《经》和《传》两部分，《经》主要是六十四卦及三百八十四爻，各有卦辞和爻辞，可能写定于周初至春秋。《传》是解释《经》的，相传孔子所作，今人研究，大抵系战国及秦汉之际的作品，是以阴阳说理，以卦、爻、象、数作为基本要素。
《黄帝内经》应用了阴阳的哲学思想为指导，继承了传统阴阳的认识，阴阳应天地之象为主，用阴阳以说医理，《内经》中的阴阳具有象、数、物质以及古代哲学指导下的说理方法，阴阳理论贯穿于《内经》全篇，成为中医理论的灵魂。《素问•阴阳应象大论》云：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”说明阴阳是天地自然规律，万事万物的纲领，运动变化的源泉，生克亢害的肇始，是天地之大道。其后《素问•天元纪大论》在五运六气理论中进一步阐发了五运阴阳：“夫五运阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，可不通乎！故物生谓之化，物极谓之变，阴阳不测谓之神，神用无方谓之圣。”
3  五行
五行概念的提出和形成，目前通常认为，先有殷商五方概念，后春秋有五材说，多以《尚书•洪范》提出“五行”的概念为五行源头。《尚书•洪范》云：“木火土金水，木曰曲直，火曰炎上，土曰嫁穑，金曰从革，水曰润下。”是以木火土金水五种物质的形态象来说理五行。
五行概念源于木火土金水五种物质吗？非也。《五行大义》云：“五行因何生？曰：因天地而生。”董仲舒也明确指出：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行”。
医圣张仲景曰：“夫天布五行，以运万类。”《素问•天元纪大论》云：“天有五行，御五位，以生寒暑燥湿风。”《素问•五运行大论》云:“天垂象，地成形，七曜纬虚，五行丽地。”可见，五行源于古人对天象的观察。
《事物记源》引史记历书曰：“黄帝建立五行，起五部”。应劭注曰：“五行，金木水火土也”。《史记•五帝本纪》也记载：“轩辕……治五气。”《集解》引王肃言注解“五气”为“五行之气”。《素问•五运行大论》云：“览《太始天元册》文曰：丹天之气经于牛女戊分，黅天之气经于心尾已分，苍天之气经于危室柳鬼，素天之气经于亢氏昂毕，玄天之气经于张翼娄胃。所谓戊已分者，奎壁角轸，则天地之门户也。夫候之所始，道之所生，不可不通也。”《白虎通•五行》云：“五行者，谓金、木、水、火、土也。言行者，欲为天行之义也。”王冰曰：“五运，谓五行之气，应天之运而主化者也。”《素问•气交变大论》曰：“五运更始，上应天期，阴阳往复，寒暑迎随，真邪相薄，内外分离，六经波荡，五气倾移，太过不及，专胜兼并。”
五行关键在行、动（传）、运。《素问•藏气法时论》云：“黄帝问曰：合人形以法四时五行而治，何如而从？何如而逆？得失之意，愿闻其事。岐伯对曰：五行者，金、木、水、火、土也，更贵更贱，以知死生，以决成败，而定五藏之气，间甚之时，死生之期也。”
（1）行的含义有二：一是运行之义。《汉书》：“五行者，五常之行气也。”二是具有行列的意义。《尚书•洪范》曰：“汩陈其五行。”我们目前的教材取其行列之意，即以五行类比自然界万事万物及人体发病与脏腑、经络等，更多地忽视了五行之运行。
（2）动（传）：五行之气在动，在人体表现为五脏之气相传,《内经》以生克乘侮表现。《素问•玉机真脏论》云：“五藏受气于其所生，传之于其所胜，气舍于其所生，死于其所不胜。病之且死，必先传行至其所不胜，病乃死。此言气之逆行也，故死。肝受气于心，传之于脾，气舍于肾，至肺而死。心受气于脾，传之于肺，气舍于肝，至肾而死。脾受气于肺，传之于肾，气舍于心，至肝而死。肺受气于肾，传之于肝，气舍于脾，至心而死。肾受气于肝，传之于心，气舍于肺，至脾而死。此皆逆死也。一日一夜五分之，此所以占死生之早暮也。黄帝曰：五藏相通，移皆有次。五藏有病，则各传其所胜。”《难经•五十四难》：云：“脏病所以难治者，传其所胜也。府病易治者，传其子也。”《难经•七十七难》：云：“所谓治未病者，则知肝当传之与脾，故先实脾气。”
（3）运：即五运，是五行之气运，其客观基础是地球的公转。运气理论以生克乘侮、亢害承制来表现。
《素问•阴阳应象大论》云：“东方生风，风生木，在音为角；南方生热，热生火，在音为徵； 中央生湿，湿生土，在音为宫；西方生燥，燥生金，在音为商；北方生寒，寒生水，在音为羽。”《素问•六节脏象论》“何谓所胜？岐伯曰：春胜长夏，长夏胜冬，冬胜夏，夏胜秋，秋胜春，所谓得五行时之胜，各以气命其藏。”用以说明五运的相生、相胜运化。
《素问•五运行大论》云：“气有余，则制己所胜而侮所不胜；其不及，则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之。”《素问•六微旨大论》云：“相火之下，水气承之；水位之下，土气承之；土位之下，风气承之；风位之下，金气承之；金位之下，火气承之；君火之下，阴精承之。帝曰：何也？岐伯曰：亢则害，承乃制，制则生化，外列盛衰，害则败乱，生化大病。”用以说明五运的相乘、相侮、相承之机。
五行理论贯穿《内经》，贯穿中医理论，是以五行理论也是中医理论之魂。
4 三阴三阳
三阴三阳即厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳。《素问•天元纪大论》云：“阴阳之气各有多少，故曰三阴三阳也。”中医古籍里有多种序次不同的三阴三阳，大抵可以归纳为经脉生理特性及其层次类、经脉长短浅深和血气盛衰类、病理反应类、脉诊部位类、时间周期类等。
最早的对三阴三阳记载的文献可能是马王堆汉墓出土的《阴阳脉死候》：“凡三阳，天气也……凡三阴，地气也。”《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》中有以太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴命名的经脉名称，是目前中医医籍中所能见到的最早的三阴三阳术语。
在中医理论中，三阴三阳也是贯透《内经》，张仲景更是以三阴三阳为基础，发展了《内经》临床应用。
三阴三阳在《内经》理论中大体可分为三种内涵：
（1）天之三阴三阳：以风寒暑湿燥火六元为本，三阴三阳为标，中气与之相承说理六气天运。《素问•天元纪大论》云：“寒暑燥湿风火，天之阴阳也，三阴三阳上奉之……厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之。所谓本也，是谓六元。”《素问•六微旨大论》云：“所谓本也，本之下，中之见也，见之下，气之标也，本标不同，气应异象。”
（2）地的三阴三阳：以木火土金水阴精与天之三阴三阳相承，以说理地道。《素问•六微旨大论》云：“相火之下，水气承之；水位之下，土气承之；土位之下，风气承之；风位之下，金气承之；金位之下，火气承之；君火之下，阴精承之。帝曰：何也？岐伯曰：亢则害，承乃制，制则生化，外列盛衰，害则败乱，生化大病。”
（3）人的的三阴三阳：《素问•五运行大论》云：“夫数之可数者，人中之阴阳也，然所合，数之可得者也。夫阴阳者，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万。天地阴阳者，不以数推，以象之谓也。”太阳、阳明、少阳、太阴、厥阴、少阴。三阴三阳之气存在于脏腑、经脉、经筋、皮部之中，各部也以三阴三阳命之。其离合出入，升降沉浮，数之可得，合于阴阳变化规律。《素问•阴阳离合论》云：“三经者，不得相失也……阴阳冲冲，积传为一周，气里行表而为相成也。”《素问•热论》云：“伤寒一日，太阳受之，故头项痛、腰脊强。二日阳明受之…三日少阳受之…四日太阴受之…五日少阴受之…六日厥阴受之……三阴三阳，五脏六腑皆受病，荣卫不行，五脏不通。”三阴三阳在人体中除了归纳经脉生理特性及其层次类、经脉长短浅深和血气盛衰类、病理反应类、脉诊部位类、时间周期类等内涵之外，更多地是探讨天、地、人与自然、疾病的关系，说明人体结构和气化，贯穿中医理论，是中医理论不可或缺的重要内涵，是以三阴三阳是中医理论之魂。
《伤寒论》中的三阴三阳：《伤寒论》是对《内经》三阴三阳学说的继承和发展，《伤寒论》三阴三阳源于《内经》三阴三阳，历代医家对《伤寒论》理论源于《黄帝内经》几无异议，且仲景在《伤寒论》原序中有明确交待：“勤求古训，博采众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》合十六卷”，阐明了《伤寒论》与《内经》的学术渊源关系。
（1）六病：把《伤寒论》中的论述归于六病，历代有之。《伤寒论》是讲六病吗？非也。首先《伤寒论》不只六个病，也不是六组病，大家可以找一找《伤寒论》里究竟有多少病。其次，《伤寒论》讲的不是六病，是伤于寒的各种病。第三，看《伤寒论》的论述，如太阳之为病，少阳之为病等等，讲的都不是太阳病、少阳病。
（2）六经：《伤寒论》讲六经是正确的，在伤寒例中已有明确交待。《伤寒论•伤寒例第三》三阳经“此三经受病，未入于腑者，可汗而已”。三阴经“此三经受病，已入于腑，可下而已。”因此六经是存在的。后世刘河间在《伤寒直折》所言亦是。那么是六经病吗？也不是。《伤寒论•伤寒例第三》：“太阳受病也，当一二日发……阳明受病也，当二三日发……少阳受病也……当三四日发……太阴受病也，当四五日发……少阴受病也，当五六日发……厥阴受病也……当六七日发。”讲的是六经受病，六经是病位，严格来讲不是六经病。
（3）六气：《伤寒论》讲六气吗？仲景非常重视运气学说，在其原序中说：“夫天布五行，以运万类，人禀五常，以有五脏，经络腑俞，阴阳会通，玄冥幽微，变化难极。”桂林古本《伤寒杂病论》载有《六气主客第三》一篇，五运六气的基本规律讲得非常清楚。《伤寒论》的六气是天之六气吗？六气是什么？太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴，在《伤寒论》各篇题目中交待很清楚，乃人身之六气，与天之六气相应。成无己在《注解伤寒论》中说：“六经传变，三阴三阳之气皆和，大邪之气皆去，病人精神爽慧也。”因此，三阴三阳之气存在于《伤寒论》始终，存在于《伤寒论》灵魂之中。且在各卷之首业已明确交待清楚。六气就是太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴，这是人之六气，非天之六气，所有的论述都是围绕六气而进行。六气存在于六经之中，是六经的物质基础，升降出入，构成人的基本生命。如《素问•六徵旨大论》云：“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。故器者，生化之宇，器散则分之，生化息矣。故无不出入，无不升降。”六气在六经中传化，如发病则表现出各经症状特点，这也是后世把六气为病理解为六经病的根本原因。
    三阴三阳理论贯穿《内经》、《伤寒杂病论》始终，也是中医理论之魂。