五运六气理论是以宇宙天体运行规律，演绎自然规律和人体生命规律的一门学科。其内涵以人肉眼所能观测到的天文现象变化规律，与自然界气候、物候的变化规律相联属，将人体生命与疾病变化规律进行深入探讨并提出防病治病方法。
运气理论的形成具有古代的文明背景，公元前约571年，单襄公在为其子顷公所留遗嘱中指出：“天六地五，数之常也。经之以天，纬之以地，经纬不爽，天之象也。”
《太始天元册》是《素问》中所引用的上古天文学作品，其书现已失佚。《素问•天元纪大论》中记载：“臣积考《太始天元册》文云：太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，揔统坤元，九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章”。《素问•五运行大论》还记载了关于五运经天的理论：“《太始天元册》文，丹天之气，经于牛女戊分；黅天之气，经于心尾己分；苍天之气，经于危室柳鬼；素天之气，经于亢氐昴毕；玄天之气，经于张翼娄胃。所谓戊己分者，奎璧角轸则天地之门户也。夫候之所始，道之所生，不可不通也”。
运气学说的理论基础是天人相应，我国自有文字记载，就有对天象的观测记录。《尚书•尧典》：“乃命羲和，钦若昊天，历象日月星辰，敬授人时。《素问•宝命全形论》曰：“天地合气，命之曰人”，“人以天地之气生，四时之法成。”

中国古代天文学说主要有盖天说、浑天说和宣夜说。五运六气学说选择了宣夜说为宇宙理论，说明结构和演化。中国古代天体理论主要有“盖天说”、“浑天说”、“宣夜说”。
盖天说始于西周，最早见于《周髀算经》。认为“天圆如张盖，地方如棋盘”，是以人为中心，立于地面观测天象，靠人的感觉观测日、月、星辰的运动。《灵枢•邪客》：“天圆地方，人头圆足立以应之。”
浑天说产生于战国时代，认为天球是一个浑圆的球，天球有天壳存在，在壳之外是无限的宇宙。浑天说至张衡（公元78-139年）集大成，并创新“浑天仪”。《素问•五脏生成论》曰：“天至广不可度，地至大不可量。”
宣夜论在《庄子•逍遥游》中初见萌芽，在浑天说的基础上认为天没有边际，宇宙是无限的，日月星辰靠气的推动运行于宇宙之中。
中医运气学的天文学思想摘取了以上三说之长，以宣夜说为主。
《素问•五运行大论》云:“天垂象，地成形，七曜纬虚，五行丽地。地者，所以载生成之形类也。虚者，所以列应天之精气也。形精之动，犹根本之与枝叶也，仰观其象，虽远可知也……”
《素问•气交变大论》曰:“夫子之言岁候，其不及太过，而上应五星”，“岁木太过，风气流行，脾土受邪。民病飨泄食减，体重烦冤，肠鸣腹支满，上应岁星(木星)。甚则忽忽善怒，眩冒巅疾，化气不政，生气独治。云物飞动，草木不宁，甚至摇落，反胁痛而吐甚，冲阳绝者死不治，上应太白星(金星)”；“岁火太过……上应荧惑星(火星》…上应辰星(水星)”。《素问•六元正纪大论》曰:“太阳司天之政……水土合德，上应辰星、镇星(土星)”。“少阴司天之政……金火同德，上应荧惑、太白”。
《灵枢•卫气行》：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。天周二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴为纬，虚张为经，是故房至毕为阳，昴至心为阴，阳主昼，阴主夜。”
根据二十八宿确立十干统运原则。十干统运，又称中运、岁运，通主一年的运气，是推算客运的基础。十干统运的规律是：“甲己之岁，土运统之；乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之。”（《素问•天元纪大论》）     古人仰观天象，发现丹天、黅天、苍天、素天、玄天五色之气横贯周天二十八宿，而二十八宿又与天干地支方位对应，根据五色之气所在的宿位便可以确定十干统运的原则。
《素问•气交变大论》：“黄帝问曰：五运更治，上应天期。”又曰：夫子之言岁候，不及其太过，而上应五星。今夫德化政令，灾眚变易，非常而有也，卒然而动，其亦为之变乎？岐伯曰：承天而行之，故无妄动，无不应也。
首次将五运六气与人之血脉经络骨髓阴阳表里联系在一起见于《周礼•医师》“医师究人之血脉经络骨髓阴阳表里，查天之五运，并时六气”。王冰推出《黄帝内经•素问》七篇大论，是中医五运六气最早的系统理论。
五运：以木、火、土、金、水五行的运行变化，以说明宇宙天体、自然气候、物候与人体疾病的相关变化规律。
五运一词，最早见于战国时代公元前356年～公元前302年，齐国邹衍提出“著终始五德之运。”《白虎通•五行》云：“五行者，谓金、木、水、火、土也。言行者，欲为天行之义也。”王冰曰：“五运，谓五行之气，应天之运而主化者也。”
五星即岁星、荧惑星、镇星、太白星、辰星，对应木、火、土、金、水，其运行变化对自然气候、物候、人体疾病的影响规律，演绎五运规律。
《素问•气交变大论》云：“夫子之言岁候，其不及太过，而上应五星。……承天而行之，故无妄动，无不应也。卒然而动者，气之交变也，其不应焉”。
六气：即风、寒、暑、湿、燥、火，是六种不同的气候变化特征。是天体日月星宿运行所化之天气与地理自然生物之间的气候影响。
六气一词，最早见于公元前561年，郑子太叔论礼，述子之言：“生其六气，用其五行，气为五味，发为五色，章为五声”。《左传•昭公元年》（公元前541年）“晋侯有疾，求医于秦，秦伯使医和视之。”医和在论及病因时指出：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气曰：阴、阳、风、雨、晦、明也。”
《素问•天元纪大论》曰“天有五行，御五位，以生寒暑燥湿风。”
五运六气学说认为，自然界五运六气的变化与人体五脏六腑之气是内外相应的，自然界的气候变化必然要影响到人体五脏六腑之气，如《素问•气交变大论》曰：“五运更始，上应天期，阴阳往复，寒暑迎随，真邪相薄，内外分离，六经波荡，五气倾移，太过不及，专胜兼并……”。
《素问•天元纪大论》曰“天有五行，御五位，以生寒暑燥湿风。”《素问•天元正纪大论》云“太阳司天之政，气化运行先天，天气肃，地气静，寒临太虚…阳明司天之政，气化运行后天，天气急，地气阴，阳专其令，炎暑大行…少阳司天之政，气化运行先天，天气正，地气扰，风乃暴举…太阴司天之政，气化运行后天，阴专其政，阳气退辟，大风时起，天气下降，地气上腾…寒雨数至。…少阴司天之政，气化运行先天，地气肃，天气明，寒交暑，热加燥……厥阴司天之政，气化运行后天……天气扰，地气正，风生高远，炎热从之。”
《素问•气交变大论》曰:“夫子之言岁候，其不及太过，而上应五星”，“岁木太过，风气流行，脾土受邪。民病飨泄食减，体重烦冤，肠鸣腹支满，上应岁星(木星)。甚则忽忽善怒，眩冒巅疾，化气不政，生气独治。云物飞动，草木不宁，甚至摇落，反胁痛而吐甚，冲阳绝者死不治，上应太白星(金星)”；“岁火太过……上应荧惑星(火星)…上应辰星(水星)”。
《素问•六元正纪大论》曰:“太阳司天之政……水土合德，上应辰星、镇星(土星)”。“少阴司天之政……金火同德，上应荧惑、太白”。明确指出气象、物候及民病的五运六气节律变化与五大行星有对应关系。
五运六气理论将三阴三阳配以六气，研究气候变化规律及对人体生命及发病的影响。
《素问•天元纪大论》：“阴阳之气，各有多少，故曰三阴三阳”。又曰：“厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之。” 
运气理论的推算方法，是根据天干纪年来进行，其中年干用以推算五运，岁支用以推算六气。
五运按所主时间及变化周期分为主运、客运、中运三种，主运反映一年五季变化的常规变化，以木、火、土、金、水为序，相应于春、夏、长夏、秋、冬五季，岁岁如此，居恒不移；客运用以表述各年五季变化气象变化的特殊规律，其序以年干所化之运为初之运，按五音相生之序，太少相间，推移五步，以十年为周期，年年不同；中运说明了全年天时的特点，反映的是年与年之间的差异，以纪年的天干所化之运来表示，根据年干阴阳属性的不同，中运有太过、不及之分。 
六气的内容主要包括主气、客气，主气代表一年时节气候的常规变化，以五行相生之序，始于厥阴风木，顺次少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金，终于太阳寒水，固定不变，年年无异；客气代表一年时节气候的特殊变化，客气六步的次第，以年支所化之气为司天，位在三之气，其余各步按厥阴→少阴→太阴→少阳→阳明→太阳之序推演，周而复始。
为了全面、准确地把握全年气化特征，还应将运与气结合起来，统一进行分析，称为运气相合。根据中运与司天、在泉之气的五行属性之异同，运气相合分为运气同化和运气异化两类，其中运气同化有天符、岁会、同天符、同岁会、太乙天符五种；运气异化视其生克关系，分为顺化、天刑、小逆、不和四种。
同时也必须指出，在实际应用过程中，要注意因时、因地、因人制宜，要根据气候、地域特点及实际的气候与疾病的关系灵活运用，随机达变，不可拘泥。
五运六气理论的运用非常广泛，运气本源于自然，是从天体运行，五星运动，自然界风、寒、暑、湿、燥、火变化，三阴三阳之气的运动变化规律中总结出来的一套自然界气候变化、人体与疾病变化的一门唯物唯象科学。用于说明和预测自然气候、人体生命和疾病规律并指导防病治病。
1.说明自然界气候的变化
我们知道，岁运能反映年与年之间的气候差异；主运主司一年五季正常的气候变化；客运则反映一年五季中的异常气候变化。天气是用三阴三阳的变化规律来说明风、寒、暑、湿、燥、火六气中不同的气候变化；而主气主司一年正常的气候变化，反映各节气不同时段的气候变化特点；客气反映一年各节气中的异常气候变化规律。
《素问•气交变大论》：“岁木太过，风气流行……岁火太过，炎暑流行……岁土太过，雨湿流行。……岁水太过，寒气流行”。
《素问•天元纪大论》曰：“厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之”。
《素问•至真要大论》云：“厥阴司天，风湿所胜，则太虚埃昏，云物以扰，寒生春气，流水不冰……少阴司天，热淫所胜，怫热至，火行共政……”。又曰：“岁少阳在泉，火淫所胜，则焰明郊野……岁阳明在泉，燥淫所胜，则霿雾清瞑”。
我们以2013年的气候特点加以说明。2013年为癸巳年，该年岁运为火运不及。
《素问•气交变大论》“岁火不及，寒乃大行，长政不用，物荣而下，凝惨而甚，则阳气不化，乃折荣美……复则埃郁，大雨且至”。
这应该是2013年正常的气候特征。但是为什么2013年夏季天气异常炎热呢？为什么2013年出现雾霾呢？还要看2013年的六气。
该年岁支司天之气为厥阴风木。气生运，气盛运衰，因岁运是火运不及之年，因此当年表现以六气主导的气候特征。
《素问•五常政大论》云：“厥阴司天……风行太虚，云物摇动……火似其暴，地乃暑，大热销铄……”《素问•至真要大论》：“岁少阳在泉，火淫所胜，则焰明郊野，寒热交至”。这就解释了为什么2013年夏季之大热。
《素问•至真要大论》云：“厥阴司天，风淫所胜，则太虚埃昏，云物以扰……”这就是2013年出现雾霾的天气原因。当然雾霾的产生不仅仅是天气的原因，环境污染、汽车尾气排放等等，都是产生雾霾的其他原因。
2.预测自然气候
以2014年为甲午年为例。该年岁运为土运太过。《素问•气交变大论》：“岁土太过，雨湿流行……泉涌河衍，涃泽生鱼，风雨大至，土崩溃……”2014年将会是雨湿大作之年。
看当年的六气：2014年岁支司天之气为少阴君火，在泉之气阳明在泉。《素问•五常政大论》曰：“少阴司天，热气下临……大暑流行……金烁石流。地乃燥清，凄沧数至。”《素问•至真要大论》云：“少阴司天，热淫所胜，悱热至，火行其政”。又曰“岁阳明在泉，燥淫所胜，则霿雾清瞑”。
2014年天气将会是湿热之年，雨大作，下半年因天气原因所致之雾霾将缓和。但在终之气，《素问•六元正纪大论》曰：“终之气，燥令行，余火内格…寒气数举，则霿雾翳”，在终之气，雾霾还会反复，这就是2014年下半年“霿雾清瞑”的气候原因。
初学者在说明和预测自然气候的时候，要把握三个要素：
⑴    岁运
⑵    司天之气
⑶    在泉之气
分析三者的关系，就可以大致看出一年气候的主要特征。再要进一步把握气候特征，则要进一步分析六气主客、五运主客及其与岁运、司天、在泉之间的相互关系，对于初学者，先大体把握即可，以下分析疾病亦同法。
3.预测疾病并指导预防
五运六气对自然生物、人体的影响是有规律可循的，除了说明和预测自然界的气候变化，还可以用来预测人体疾病并指导预防，司岁备物。
⑴用于预测疾病
以2014年为例。2014年岁运为土运太过，少阴君火司天，阳明燥金在泉。
《素问•气交变大论》云：“岁土太过，雨湿流行，肾水受邪。民病腹痛，清厥意不乐，体重烦冤……甚则肌肉萎，足痿不收，行善瘈，脚下痛，饮发中满食减，四肢不举。变生得位……病腹满溏泄肠呜”。
《素问•至真要大论》曰：“少阴司天，热淫所胜，怫热至，火行其政。民病胸中烦热，嗌干，右胠满，皮肤痛，寒热咳喘，大雨且至，唾血血泄，鼽衄嚏呕，溺色变，甚则疮疡胕肿，肩背臂臑及缺盆中痛，心痛肺瞋，腹大满，膨膨而喘咳，病本于肺” 。
《素问•至真要大论》曰：“岁阳明在泉，燥淫所胜，……民病喜呕，呕有苦，善太息，心胁痛不能反侧，甚则嗌干面尘，身无膏泽，足外反热。” 
由上可见，2014年气盛运，以气为主，雨湿大行，夏天天气炎热，人体病变主要在心、肺、脾、胃。提示我们及早做出预防措施。
⑵用于预测传染病的发生和预防
2009年我国发生甲型H1N1流感疫病。在发病之前，顾植山教授提前预测了疫病的发生和症候特点，并提出了治疗原则。
2009年运气是太阴湿土司天，太阳寒水在泉，当年疫病病机以湿、寒为主，人禽流感的发病与寒湿之气的关联度很高，应加注意。顾植山教授提出：初起尽量以中医药治疗为主，用药宜偏辛温而忌过用寒凉，轻症病人用香苏散加味，重症病人可参考用附子等大热之品通行上下，预防用仙术汤、食疗法等。
4.运用五气学说治疗疾病
《素问•六节藏象论》云：“不知年之所加，气之盛衰，虚实之所起，不可以为工矣”。
《伤寒论》成书以来，历代医家对五运六气治疗疾病都有不同的阐发，形成了我国各种医学流派。如刘完素提出“六气化火”，诸病“皆属于火”，用药主张“泻火”为主，考其所处时代背景正是燥金司天，君火在泉的燥火运中。朱丹溪以为：湿、热、相火三气致病最多，立论重“相火”，提出“阳有余，阴不足”论，采用滋阴降火之法。其所处背景属少阴君火司天，阳明燥金在泉的火燥运中。
运用运气学说治疗疾病，首先要认识疾病与运气的关系，确定发病病机，制定治疗原则，选择对症方药，并可司岁备物。具体方法：
⑴先用天干确定岁运，其“太过”、“不及”会影响人体相应脏腑。
土运太过，雨湿流行，易伤肾；土运不及，风乃大行，易伤脾。金运太过，燥气流行，易伤肝；金运不及，炎火大行，易伤肺。水运太过，寒气流行，易伤心；水运不及，湿乃大行，易伤肾。木运太过，风气流行，易伤脾；木运不及，燥乃大行，易伤肝。火运太过，炎暑流行，易伤肺；火运不及，寒乃大行，易伤心。
⑵用地支确定司天之气、在泉之气。司天之气在上，主上半年；在泉之气在下，主下半年。
巳亥年：厥阴司天，少阳在泉。
子午年：少阴司天，阳明在泉。
寅申年：少阳司天，厥阴在泉。
丑未年：太阴司天，太阳在泉。
卯酉年：阳明司天，少阴在泉。
辰戌年：太阳司天，太阴在泉。
⑶找出干支之间的制约关系及其对人体疾病的影响
根据运气相临的情况，推测运、气所主，根据所主之气或运，确定病机和治疗方法。
①    顺化：气生运，发病较重。
②    天刑：气克运，发病较轻。
③    不和：运克气，发病较轻。
④    小逆：运生气（为平气年），发病较轻。
⑤    天符：运气相同，发病烈。
历代医家应用五运六气理论指导临床实践给我们留下了宝贵的经验，张仲景《伤寒总病论》即是应用运气理论的典范，《伤寒杂病论》就是运用六经理论研究伤于“寒”的各种病。自唐代王冰以降，宋代将五运六气与临床作为太医局必考科目，在此背景下，南宋陈无择推出《三因司天方》十六首。金元四家各有创新，明代王肯堂更是系统运用运气理论治疗临床疾病，其弟子殷宅心评释的《医学穷源集》将五运六气理论临床应用推向了高潮。清代也多有医家屡有创新，五运六气与临床日益引起当代医者的重视，运气理论临床应用的春天行将到来。
运用五运六气学说不能机械的生搬硬套，按图索骥，应当掌握其辨证思想，灵活运用。运气的变化对人体发病有重要的影响，但疾病的发生不能唯运气而论，疾病与社会、心理、体质、饮食、生活环境、意外等各种因素相关，我们要科学辨证地运用，《内经》七篇大论给出了明确答案， 历代医家已经作出垂范。《素问•疏五过论》云：“圣人之治病也，必知天地阴阳，四时经纪，五藏六府，雌雄表里，刺灸砭石，毒药所主，从容人事，以明经道，贵贱贫富，各异品理，问年少长，勇怯之理，审于分部，知病本始，八正九候，诊必副矣。”不能用形而上学的方法研究五运六气，我们目前治病要辨天地人证论治，针对疾病、病证、病机、病性、病位、病势、病因等，结合体质，运气、发病时间等因素，辨气血阴阳之失调，虚实之所起，气机之逆乱，灵活准确选方用药。